網(wǎng)絡的節(jié)點包括基因、通路、疾病、化合物、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域、生物學進程、蛋白質(zhì)、代謝物、藥物、內(nèi)源性小分子等。邊表示的相互作用包括實驗測定理化相互作用、基因調(diào)控相互作用、基因共表達等其他相互作用。不同的節(jié)點和邊構(gòu)成了豐富的生物網(wǎng)絡。常見的網(wǎng)絡為“化合物-靶標-基因”網(wǎng)絡，“化合物-靶標-通路”網(wǎng)絡，“化合物-靶標”網(wǎng)絡。網(wǎng)絡分析通常包括網(wǎng)絡拓撲學信息計算、隨機網(wǎng)絡生成和比較以及網(wǎng)絡分層和聚類。常用的網(wǎng)絡拓撲學分析內(nèi)容包括度(degree)、介數(shù)(betweenness)、較短路徑(shortestpath)、瓶頸(bottleneck)、中心節(jié)點(hub)、模塊(moldule)、楔點(chokepoint)等。一個節(jié)點的介數(shù)值越大，流經(jīng)它的數(shù)據(jù)分組越多，意味著它更容易擁塞，成為網(wǎng)絡的瓶頸，是網(wǎng)絡的關鍵節(jié)點。網(wǎng)絡分析中關注較多的是度和介數(shù)，高的度值和介數(shù)值節(jié)點是新藥發(fā)現(xiàn)和靶點預測的重點。一些單一成分的化學藥物可能作用于蛋白受體、離子通道、跨膜信號傳導分子和酶等多個不同類型的靶點。湖南醫(yī)藥網(wǎng)絡藥理學
網(wǎng)絡藥理學一方面其整體性、系統(tǒng)性的特點與中醫(yī)藥“整體觀念”、“辨證論治”的理論一致;另一方面，其研究模式由以往“單藥物、單靶點”向“疾病-基因-靶點-藥物”轉(zhuǎn)變，與中藥復方“多成分、多途徑、多靶點”的協(xié)同作用特點有異曲同工之妙。從網(wǎng)絡藥理學角度分析，其機理可能正是由于通過配伍藥物之間相互協(xié)作、藥物及其配體之間相互作用這一復雜關系網(wǎng)中的節(jié)點相互制約，使中藥復方能有效打擊疾病相關節(jié)點，保護整體網(wǎng)絡平衡。杭州鉑賽生物科技有限公司湖南醫(yī)藥網(wǎng)絡藥理學評估主要數(shù)據(jù)及其關聯(lián)信息的獲取、軟件算法與分析方法的設計以及驗證方法的選擇與模型構(gòu)建是否可靠。
由于網(wǎng)絡藥理學有著以藥測病的特點，研究某些中藥醫(yī)療疾病的作用機制中可能會發(fā)現(xiàn)醫(yī)療另一病癥或醫(yī)療該病癥需要諸多途徑完成，便可出現(xiàn)醫(yī)療新病癥的前藥或先導化合物。高思佳等采用網(wǎng)絡藥理學預測葛根解肌退熱的作用機制，結(jié)尾篩選出葛根中有13個活性成分、203個靶點、19條信號通路。其中部分信號通路與炎癥反應有關;李冰濤等同樣采用該法對葛根醫(yī)療的作用機制進行研究，結(jié)果篩選出70個活性成分，18個作用靶點，及多個生物過程，其中也包括炎癥反應，這體現(xiàn)了中藥異病同治的特點，而高源等采用網(wǎng)絡藥理學研究沙苑子的作用機制，篩選出11個活性成分，50個潛在靶點，261個生物過程和此型號通路，其中也包括炎癥反應，這兩種藥材在發(fā)揮不同藥效時均通過炎癥反應生物途徑，由此可見許多病癥都可能與體內(nèi)有炎癥關聯(lián)，可為退熱病癥提供新思路。
中藥網(wǎng)絡藥理學能較好地體現(xiàn)中醫(yī)藥整體觀，可用于闡釋中藥醫(yī)療疾病的物質(zhì)基礎和作用機制，常規(guī)研究思路可分為以下步驟:1、成分收集及處理:通過檢索數(shù)據(jù)庫、文獻，收集中藥所含化學成分。對化學成分進行ADMET篩選。2、成分靶標的收集:基于數(shù)據(jù)庫，對經(jīng)ADMET篩選后的化學成分進行靶標收集。3、疾病靶標的收集:基于數(shù)據(jù)庫，對疾病靶標進行收集。4、成分與疾病共同靶標的確認:采用韋恩圖進行確認。5、成分--共同靶標網(wǎng)絡的建立與分析:采用Cytoscape軟件，建立成分--共同靶標網(wǎng)絡，并進行拓撲分析，預測物質(zhì)基礎和關鍵靶標。6、基因富集分析:對共同靶標進行基因富集分析，預測中藥醫(yī)療疾病的關鍵通路。7、實驗驗證:采用適當技術，對預測的中藥物質(zhì)基礎和作用機制進行實驗驗證。評價數(shù)據(jù)信息的提取與轉(zhuǎn)換、軟件/算法的開發(fā)、網(wǎng)絡的構(gòu)建與分析以及實驗驗證等流程是否規(guī)范。
網(wǎng)絡藥理學是近年來新興的研究方法。它可分析生物系統(tǒng)網(wǎng)絡，并通過生物網(wǎng)絡中節(jié)點的連接和節(jié)點之間的相互作用關系來分析網(wǎng)絡的特征，進而闡釋藥物的作用機制。它強調(diào)藥物、靶點和疾病之間相互作用的完整性和系統(tǒng)性。作為一種方法和技術，網(wǎng)絡藥理學為藥物的發(fā)現(xiàn)、研究和綜合評估提供了一種新方法。它具有中醫(yī)辨證的特點和中藥醫(yī)療的整體觀。研究表明，厚樸“發(fā)汗”之后，成分的含量會產(chǎn)生差異。且其鎮(zhèn)痛作用會降低，毒性和抗?jié)兊淖饔脮黾?。然而厚樸“發(fā)汗”之后產(chǎn)生療效差異的分子機制尚未明確。網(wǎng)絡藥理學是在網(wǎng)絡生物學與多向藥理學的基礎上提出的藥物設計的新思路。湖南醫(yī)藥網(wǎng)絡藥理學
在網(wǎng)絡藥理學評價中，要求從可靠性、規(guī)范性和合理性三個方面進行評價。湖南醫(yī)藥網(wǎng)絡藥理學
網(wǎng)絡藥理學是運用多種數(shù)據(jù)庫及軟件綜合分析、篩選、構(gòu)建網(wǎng)絡圖，其中主要的數(shù)據(jù)庫、軟件及相關作用如下:中藥系統(tǒng)藥理學數(shù)據(jù)庫和分析平臺(TCMSP)主要用于藥物化合物成分及相關靶標的篩選;通用蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(Uniprot)用于靶標蛋白基因的搜索篩選;有機小分子生物活性數(shù)據(jù)庫(Pubchem/OMIM)用于藥物化合物2D、3D結(jié)構(gòu)搜索;人類基因數(shù)據(jù)庫(GeneCards)用于疾病基因搜索篩選;在線韋恩圖反映藥物篩選靶標基因與疾病基因的交集基因;蛋白互作平臺數(shù)據(jù)庫(STRING)用于構(gòu)建蛋白相互作用網(wǎng)絡(PPI);生物學信息注釋數(shù)據(jù)庫(DAVIDv6.8)用于GO分類富集和KEGG通路富集分析;在線云平臺(Omicshare)主要用于GO分類富集分析和KEGG通路分析結(jié)果繪制氣泡圖;GraphPadPrism6制圖軟件主要用于GO分類富集分析和KEGG通路分析結(jié)果繪制柱狀圖;網(wǎng)絡拓撲屬性分析軟件CytoscapeVersion3.6.1主要用于構(gòu)建“成分-靶標-通路”網(wǎng)絡。湖南醫(yī)藥網(wǎng)絡藥理學
杭州鉑賽生物科技有限公司擁有技術開發(fā)、技術咨詢、技術服務、成果轉(zhuǎn)讓：生物技術、檢測技術、化工產(chǎn)品、計算機軟硬件、實驗室耗材、儀器儀表；網(wǎng)上銷售：日用百貨、辦公用品、儀器儀表、實驗室耗材、生化試劑（除化學危險品及易制毒化學品、涉及許可證的除外）、計算機軟硬件、機械設備。（依法須經(jīng)批準的項目，經(jīng)相關部門批準后方可開展經(jīng)營活動）等多項業(yè)務，主營業(yè)務涵蓋實驗外包服務，課題設計，網(wǎng)絡藥理學分析服務。公司目前擁有專業(yè)的技術員工，為員工提供廣闊的發(fā)展平臺與成長空間，為客戶提供高質(zhì)的產(chǎn)品服務，深受員工與客戶好評。公司以誠信為本，業(yè)務領域涵蓋實驗外包服務，課題設計，網(wǎng)絡藥理學分析服務，我們本著對客戶負責，對員工負責，更是對公司發(fā)展負責的態(tài)度，爭取做到讓每位客戶滿意。公司深耕實驗外包服務，課題設計，網(wǎng)絡藥理學分析服務，正積蓄著更大的能量，向更廣闊的空間、更寬泛的領域拓展。