常州crispr/cas9脫靶檢測評估標準

CIRCLE-seq和CHANGE-seq與SITE-seq同期發(fā)表的CIRCLE-seq一定程度上解決了SITE-seq的一些問題。CIRCLE-seq的第一步是將純化后的基因組DNA隨機打斷成300bp左右的片段，然后首尾相連成環(huán)狀DNA，這種方法很好地避免了DNA隨機斷裂造成的背景噪聲。實驗的第二步是用Cas9切割環(huán)狀DNA，再連上接頭并進行雙端測序，這樣就可以在一次測序中同時獲取切割位點的兩側序列，彌補了SITE-seq的另一個缺點。CIRCLE-seq從總體上來說要優(yōu)于SITE-seq，但是將基因組DNA隨機打斷后成環(huán)的效率并不高，所以同一作者在3年后發(fā)表了CHANGE-seq，用Tn5一步法打斷基因組并加接頭，提高了成環(huán)效率，降低了起始基因組DNA的用量。挑選前面的潛在脫靶位點，通過PCR測序驗證是否脫靶。常州crispr/cas9脫靶檢測評估標準

細胞外檢測方法：細胞外檢測方法較為直接，將基因組提純后進行CRISPR體外切割實驗，再捕獲發(fā)生脫靶切割的位點即可。1) Digenome-seqDigenome-seq是較早提出的一類細胞外脫靶位點檢測方法，提純的基因組DNA被Cas9/sgRNA切割后，再經過標準的全基因組測序流程獲得測序數(shù)據，之后需要較為復雜的生物信息學分析才能夠獲得CRISPR切割位點的信息?？傮w來講，這種方法測序成本較高，并且檢測靈敏度也有限。2)SITE-seq為了有效檢測到低頻脫靶位點，一般需要在建庫時定向捕獲CRISPR切割位點。SITE-seq就是這樣一種測序方法，提純的基因組DNA經過Cas9/sgRNA切割后，在切割位點末端連接帶Biotin的接頭；再隨機打斷基因組，在另一端連接第二個接頭；經過鏈霉親和素磁珠純化，只有一輪被Cas9切割的DNA才能夠被純化并測序，實現(xiàn)了CRISPR切割位點的富集。該方法雖然提高了脫靶位點的檢測靈敏度，但有著較高的實驗要求，每次需要投入大量的基因組DNA，并且無法區(qū)分提純基因組DNA時發(fā)生的隨機斷裂和Cas9的切割，導致產出較為明顯的背景信號。同時，由于一輪Biotin接頭只會接在Cas9切割位點的一側，導致測序結果里只能看到脫靶位點一側的序列。浙江off-target脫靶檢測CRO脫靶(off-target)效應是指MicroRNA Agomir/Antagomir可以與特異性互補的核苷酸序列結合。

Guide-seq原理圖，Discover-seq細胞內的脫靶切割一般無法直接捕獲，除了Guide-seq這種連接dsODN來間接記錄脫靶位點的方法外，研究者們還想出一種蛋白介導的方法Discover-seq。由于DNA雙鏈斷裂后細胞會啟動DNA修復機制，大量蛋白參與到斷裂處的修復，所以研究者就對相關蛋白進行篩選，找到其中MRE11結合DNA的位點與DNA雙鏈斷裂的相關性比較好。DISCOVER-seq便是通過MRE11的CHIP-seq（染色質免疫共沉淀）來反映CRISPR的脫靶位點。。。。

誘導多能干細胞來源的細胞產品。誘導多能干細胞（inducedpluripotentstemcell，iPS）自身具有致瘤性風險，在體內可形成畸胎瘤，整合病毒載體的使用和誘導多能性可能增加iPS細胞插入致突變性和致性的風險。因此，應在shou次臨床試驗前完成致瘤性試驗。若設計科學合理，能夠滿足評價要求，也可在持續(xù)時間足夠長的毒性研究中評估致瘤性風險。體內致瘤性試驗建議采用摻入未分化iPS細胞的細胞產品作為陽性對照，以確認實驗系統(tǒng)的靈敏度。如果iPS細胞設計了機制以降低致瘤風險，應在體內試驗中確認/驗證此類機制的功能 如何檢測是否發(fā)生脫靶？

檢測方法的敏感度、特異性和可重復性應經過驗證，并設計適當?shù)年栃院完幮詫φ眨划旙w內靶細胞或替代細胞中載體序列陽性的比例超出預期范圍時，應開展克隆性生長的評估。如果存在優(yōu)勢克隆或單克隆生長，應在不超過3個月的時間內再次檢測確認，并盡快開展整合位點的分析。當載體的整合位點確定后，應與人類基因組數(shù)據庫及基因組的其他數(shù)據庫等進行比較，確定整合位點的基因功能，評估是否與包括zheng在內的任何疾病有關。如果受試者體內出現(xiàn)載體陽性細胞的克隆性生長，或檢測發(fā)現(xiàn)基因整合位點在基因或相關基因附近，應縮短檢測間隔至不超過3個月并密切監(jiān)測惡性liu征兆，直至檢測不到基因zhiliao載體。脫靶檢測安評，推薦唯可生物，實驗實力強，專業(yè)性高，檢測效率高，結果準確率高?；虔煼摪袡z測服務

脫靶切割位點已在基因編輯技術,CRISPR / Cas9,ZFNs和TALEN。常州crispr/cas9脫靶檢測評估標準

以上長期隨訪時間的建議主要基于基因zhiliao的產品類型，具體產品的隨訪時間取決于產品的特性和體內存在時間、轉基因表達時間、遲發(fā)性不良反應的預期時間及發(fā)生率、受試者適應癥和預期生存期、給藥途徑、以及長期隨訪的其他觀察目的。隨著隨訪數(shù)據的積累，研究者和研究申辦方可能會根據產品的存在情況、轉基因表達和臨床表現(xiàn)的持續(xù)評估情況，延長或縮短長期隨訪的持續(xù)時間。如果研究申辦方認為其基因zhiliao產品安全性風險較低、無需開展長期隨訪臨床研究，或者希望變更隨訪時間，應合理說明依據或變更理由并與藥品監(jiān)督管理部門進行溝通。常州crispr/cas9脫靶檢測評估標準