南通脫靶檢測方法

gRNA的長度和錯配： 17個核苷酸長度的gRNA顯示出更高的基因組編輯效率。相比之下，18-20 bp的長度顯示出較低的基因組編輯效率。在人類細胞中減少潛在脫靶效應的指導方針：1) 應避免在PAM的7-10 bp范圍內(nèi)靶序列有超過3個錯配；2) 在PAM的12 bp內(nèi)，應避免sgRNA 凸起以減少脫靶效應。gRNA的化學修飾：在gRNA核糖磷酸骨架中加入2?-O-甲基-3?-膦酰基乙酸酯會導致位點特異性修飾，使脫靶切割減少40-120倍，同時保持靶向性能。gRNA上游5'發(fā)夾結(jié)構的修飾可以提高Cas9和Cas12的特異性，降低脫靶效應。如何檢測是否發(fā)生脫靶？南通脫靶檢測方法

先導編輯器：CBE和ABE組合使用可以有效地進行4種堿基轉(zhuǎn)換（C→T, G→A, A→G, T→C），而無需產(chǎn)生DSB，然而除了這4種堿基轉(zhuǎn)換，對另外8種堿基轉(zhuǎn)換（C→A, C→G, G→C, G→T, A→C, A→T, T→A, T→G）以及堿基的插入和缺失，依然缺乏有效的研究工具。先導編輯器（Prime Editor, PE），PE在不依賴DSB和供體DNA的條件下便可有效實現(xiàn)所有12種堿基轉(zhuǎn)換，此外還能有效實現(xiàn)多堿基的精細插入（較多可插入44bp）和刪除（較多刪除80bp）。> 抗CRISPR蛋白。抗CRISPR（Acr）蛋白是天然的CRISPR/Cas系統(tǒng)抑制劑，由各種可移動遺傳元件（MGEs）編碼，在不同階段抑制CRISPR-Cas的免疫功能。已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了多達45個Acr蛋白，其中 "AcrIIA4 "有可能保護細胞免受編輯。Shin和他的同事發(fā)現(xiàn)，通過調(diào)整AcrIIA4或Cas9加入實驗的時間，AcrIIA4將脫靶修飾減少了4倍，而沒有減少靶向效應。南通脫靶檢測安全性評價高深度全基因組重測序服務,該方法能多方位精細地對基因編輯的細胞或個體進行off-target檢測。

CAR或TCR修飾的免疫細胞對于嵌合抗原受體（Chimericantigenreceptor，CAR）或T細胞受體（Tcellreceptor，TCR）修飾的免疫細胞，應盡可能采用多種方法評估其靶點相關毒性和脫靶毒性風險。對于靶點相關毒性，應采用體外方法深入分析靶點在人體qiguan、組織和細胞中的表達分布情況，基因表達分析庫和文獻調(diào)研也可能會有助于闡明靶點在不同病理生理狀態(tài)下的表達是否存在差異。應采用表達和不表達靶抗原的細胞作為靶細胞進行體外試驗，確認CAR或TCR修飾的免疫細胞可特異性的識別和殺傷靶細胞。對于CAR修飾的免疫細胞，應采用多種體外方法評估其胞外抗原識別區(qū)的脫靶風險。

GUIDE-Seq脫靶評估技術的優(yōu)勢分析鼓潤致力于基因組編輯工具脫靶的分析檢測工作，為篩選、優(yōu)化基因組編輯工具的保真性提供標準化的分析。我們脫靶分析具有如下優(yōu)勢：實用性強：能反映CRISPR在真核細胞中進行基因編輯的在靶與脫靶情況，以進行安全性和有效性評價；檢測通量高：一次能檢測多個樣本的在靶與脫靶情況，并通過優(yōu)化的標簽設計，降低實際的測序reads數(shù)量；準確性高：絕大部分檢測結(jié)果可被驗證；靈敏度高：能夠高效檢測出低頻脫靶位點，檢測低至0.1%的脫靶突變；實驗難度低：操作過程簡單易行細胞適應性強。脫靶檢測簡單有效的方法之一是全基因組測序法。

由于設計的sgRNA會與非靶點DNA序列錯配，引入非預期的基因突變，即脫靶效應(Off-targeteffects)。脫靶效應造成了研究中的許多不確定性，這無疑限制了該技術的應用。因此，研究者希望能開發(fā)有效的方法來檢測脫靶效應。在目前主流的脫靶效應評估方法中，有一種方法為GUIDE-seq，其原理是利用一種短的雙鏈寡聚核苷酸（dsODN）標記CRISPR/Cas誘導的脫靶斷裂，然后對標簽所在的基因組區(qū)域進行高通量測序，通過生物信息學分析從而確定脫靶位點。利用該技術可以在基因組范圍內(nèi)檢測CRISPR脫靶效應，從而改變了以往先預測假定脫靶位點再檢測的思路；與其他的評估方法相比，GUIDE-seq更精確、更靈敏。脫靶檢測服務，推薦唯可生物，實驗實力強，專業(yè)性高，檢測效率高，結(jié)果準確率高。武漢off-target脫靶檢測分析

通過對DSB的標記實現(xiàn)了全基因組無偏脫靶檢測，如IDLVs、BLESS、GUIDE-seq技術等。南通脫靶檢測方法

CIRCLE-Seq，將gDNA打斷并環(huán)化，環(huán)化的DNA與CRISPR/RNP孵育，NGS測序檢測線性化的DNapian段，確定脫靶位點。PCR富集后測序，成本相對較低，能檢測低頻脫靶突變。安必奇sgRNA脫靶效應評估，安必奇生物提供sgRNA脫靶效應評估服務，幫助您挑選高度特異，脫靶率低的sgRNA進行后續(xù)實驗。同時，我們也協(xié)助您檢測分析基因編輯后細胞樣品的脫靶情況，通過各種高通量測序檢測技術，我們能準確的分析全基因組范圍內(nèi)的脫靶位點，推動CRISPR/Cas9技術在zhiliao藥物開發(fā)和臨床研究中的應用。我們的優(yōu)勢：靈敏度高：能檢測低頻脫靶突變★準確性高：檢測結(jié)果可通過實驗驗證★多種檢測方法可選擇以滿足不同的實驗需求南通脫靶檢測方法