亞硫酸氫鹽測序法用亞硫酸氫鈉對 DNA 進行化學(xué)處理會使甲基化特異性序列變異,從而可以通過NGS進行定位和量化,主要的DNA甲基化數(shù)據(jù)分析流程:獲得DNA甲基化數(shù)據(jù)之后,首先,需要對數(shù)據(jù)進行處理和質(zhì)量的基本控制,包括原始測序和芯片數(shù)據(jù)的讀取、轉(zhuǎn)換到產(chǎn)生準確的DNA甲基化圖譜;其次,需要對DNA甲基化位點的結(jié)果進行可視化,并且利用統(tǒng)計學(xué)方法鑒定樣本特異性差異的DNA甲基化位點;第三,驗證 DNA 甲基化差異位點,并且對其進行生物學(xué)解釋。全基因組甲基化測序:利用Bisulfite(亞硫酸鹽)對基因組進行處理后上機測序。浙江目標區(qū)域甲基化重測序準確度高
DNA甲基化是指生物體在DNA甲基轉(zhuǎn)移酶(DNA methyltransferase,DMT) 的催化下,以s-腺苷甲硫氨酸(SAM)為甲基供體,將甲基轉(zhuǎn)移到特定的堿基上的過程。DNA甲基化能降低某些基因的表達活性,去甲基化則能引起基因的重新活化和表達。DNA甲基化能引起染色質(zhì)的結(jié)構(gòu)、DNA構(gòu)象、DNA穩(wěn)定性及DNA與蛋白質(zhì)之間的相互作用方式的改變,從而影響基因表達。研究證實,CpG二核苷酸中胞嘧啶的甲基化導(dǎo)致了人體1/3以上由于堿基變異而引起的遺傳性疾病。由于DNA甲基化與人體發(fā)育和tumour疾病的密切關(guān)系,特別是CpG島甲基化引起的抑cancer基因的轉(zhuǎn)錄失活,使得DNA甲基化成為表觀遺傳學(xué)和表觀基因組學(xué)的重要研究內(nèi)容。北京目標區(qū)段甲基化重測序怎么解決上海翼和生物通過亞硫酸氫鹽(bisulfite)處理,用多重PCR擴增目的片段,添加barcode和測序通用接頭。
DNA甲基化是表觀遺傳學(xué)的重要內(nèi)容。DNA甲基化是基因組DNA的一種主要表觀遺傳修飾形式。DNA甲基化修飾對于維持正常細胞功能、傳遞基因組遺傳印記、胚胎發(fā)育以及人類tumour發(fā)生,起著至關(guān)重要的作用。甲基化研究成為表觀遺傳學(xué)的熱點,相應(yīng)的技術(shù)也是層出不窮,根據(jù)實驗?zāi)康牡牟煌?,這些技術(shù)大體能夠分成兩類:全基因組甲基化檢測技術(shù)以及特異性位點甲基化檢測技術(shù)。翼和特色內(nèi)容目標區(qū)域甲基化測序自主知識產(chǎn)權(quán)超高重PCR為基礎(chǔ),目標甲基化區(qū)段特異性捕獲,更具針對性,經(jīng)濟型基于二代測序,可以獲得目標區(qū)域內(nèi)所有C的甲基化數(shù)據(jù)~500X的測序深度,精確計算每個位點C的甲基化程度通量高,可同時對成百上千個區(qū)域進行甲基化程度分析適用于大樣本多區(qū)域的DNA甲基化水平檢測Q30>80%檢出率90%以上,90%以上測序片段測序深度>10X。
在表觀遺傳中,DNA甲基化修飾具有非常重要的地位。其中胞嘧啶雜環(huán)5號位的甲基化修飾,又稱作5-甲基胞嘧啶(5mC),是**常見的甲基化修飾方式,也是迄今為止研究**為普遍的DNA甲基化修飾方式。一般認為當(dāng)DNA甲基化出現(xiàn)在基因啟動子區(qū),就會抑制基因轉(zhuǎn)錄,從而起到負調(diào)控的作用。DNA甲基化的形成機制,包括從頭合成(de novo),甲基化的維持(Maintenance)和去甲基化(Demethylation),這些過程分別由不同的基因和通路調(diào)控。這些基因和通路在動植物中即保守,又有所區(qū)別。表觀遺傳屬于一種可以對環(huán)境產(chǎn)生應(yīng)答和改變的遺傳機制。
全基因組甲基化測序結(jié)合了亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化(bisulfiteconversion)方法與新一代高通量測序技術(shù),可在單堿基分辨率水平上高效地檢測全基因組DNA甲基化狀態(tài)。亞硫酸氫鹽處理可以使DNA中未發(fā)生甲基化的胞嘧啶脫氨基轉(zhuǎn)變成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶保持不變,PCR擴增所需片段,則尿嘧啶全部轉(zhuǎn)化成胸腺嘧啶。對PCR產(chǎn)物進行高通量測序,與參考序列比對,即可判斷CpG/CHG/CHH位點是否發(fā)生甲基化。上海翼和生物是上海市遺傳學(xué)會理事單位,上海市****,至今已有16年的歷史。重亞硫酸氫鈉測序法(Bisulfite sequencing,BS-Seq)被認為是5mC鑒定的金標準。上海bisulfite甲基化重測序怎么解決
Hi-Methylseq結(jié)合了亞硫酸鹽轉(zhuǎn)換、靶向擴增子高通量測序技術(shù),可實現(xiàn)多區(qū)段、多位點的甲基化精確定量分析。浙江目標區(qū)域甲基化重測序準確度高
DNA甲基化可以抑制基因表達。其機制是當(dāng)DNA甲基化出現(xiàn)在啟動子區(qū),其會強化啟動子序列的異染色質(zhì)化(染色體擰巴在一起),而使轉(zhuǎn)錄起始復(fù)合物無法接近和結(jié)合,從而強化基因的轉(zhuǎn)錄抑制。只有保持開放性常染色質(zhì)狀態(tài)的轉(zhuǎn)錄起始位點,才能保證轉(zhuǎn)錄起始蛋白復(fù)合物可接近并結(jié)合這個區(qū)域,從而保證基因的轉(zhuǎn)錄表達。當(dāng)DNA甲基化出現(xiàn)在編碼基因不同區(qū)域的時候(上游,基因區(qū)或下游),其對基因表達的影響也是不同的。同時,DNA甲基化不僅只影響基因轉(zhuǎn)錄,實際上其與組蛋白修飾、DNA突變、小RNA表達等都有非常復(fù)雜的相互調(diào)控作用。浙江目標區(qū)域甲基化重測序準確度高
上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司致力于醫(yī)藥健康,是一家服務(wù)型公司。公司業(yè)務(wù)分為細胞組織小鼠質(zhì)控,大健康檢測,生物技術(shù)服務(wù)等,目前不斷進行創(chuàng)新和服務(wù)改進,為客戶提供良好的產(chǎn)品和服務(wù)。公司從事醫(yī)藥健康多年,有著創(chuàng)新的設(shè)計、強大的技術(shù),還有一批**的專業(yè)化的隊伍,確保為客戶提供良好的產(chǎn)品及服務(wù)。翼和生物秉承“客戶為尊、服務(wù)為榮、創(chuàng)意為先、技術(shù)為實”的經(jīng)營理念,全力打造公司的重點競爭力。