南京高同源區(qū)段SNP分型報(bào)告

基因的直系同源、旁系同源或異源同源關(guān)系[1]。祖先物種通過兩次物種分化形成ABC三個(gè)物種；伴隨物種分化而進(jìn)行的兩次基因重復(fù)共形成A1、B1、B2、C1、C2、C3等6個(gè)基因。顯然，C2與C3互為直系同源；B1與C1互為旁系同源；AB1與其他6個(gè)基因互為異源同源。然而，B1和B2、B2和C1又是什么關(guān)系呢?在這個(gè)問題上曾引起爭議。B1和B2、B2和C1的分離是由于***次基因重復(fù)而產(chǎn)生的，套用定義，可得出B1和B2、B2和C1互為旁系同源。同理，B1和C2/C3、C1和C2/C3也互為旁系同源。類似的，根據(jù)直系同源基因的定義，B2和C2/C3、A1和所有B基因及C基因互為直系同源。高同源區(qū)段在多倍體物種中，又細(xì)分為橫向同源和部分同源。南京高同源區(qū)段SNP分型報(bào)告

競爭性等位基因特異性PCR法——KASP（KompetitiveAlleleSpecificPCR），是英國LGC（**化學(xué)家實(shí)驗(yàn)室）公司所開發(fā)的技術(shù)，被比較常見用于少位點(diǎn)，多樣本的SNP分型中，與TaqMan熒光探針法有一定相似性。KASP基于引物末端堿基的特異匹配來對(duì)SNP分型以及檢測(cè)InDels(InsertionsandDeletions，插入和缺失)。上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司是上海市遺傳學(xué)會(huì)理事單位，是上海市高新技術(shù)企業(yè)，至今已有十六年歷史,專注于為國內(nèi)科研工作者和生物醫(yī)藥企業(yè)提供各類分子遺傳學(xué)技術(shù)服務(wù)（高同源區(qū)段SNP分型）和質(zhì)控試劑盒。北京SNP基因分型哪里好目前已有多種方法可用于SNP檢測(cè)，如根據(jù)動(dòng)態(tài)等位基因特異的雜交、DNA芯片以及TaqMan系統(tǒng)等。

高通量二代測(cè)序法SNP基因分型——你有我有，你沒有我也有：上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司通過自主研發(fā)的高重PCR技術(shù)，擴(kuò)增引物經(jīng)修飾及優(yōu)化，克服了傳統(tǒng)多重PCR擴(kuò)增效率不均一問題，95%以上擴(kuò)增子的測(cè)序深度在平均測(cè)序深度的0.2X范圍，保證測(cè)序通量的有效利用。基于超高重PCR技術(shù)平臺(tái)的高通量二代SNP分型服務(wù)，適用于多種遺傳學(xué)研究領(lǐng)域，如疾病與基因的關(guān)聯(lián)分析，臨床分子診斷研究，QTL定位及分子育種等大規(guī)模多位點(diǎn)大樣本的SNP分析。

在研究親緣關(guān)系較遠(yuǎn)的物種時(shí)，物種分化和基因重復(fù)的嵌套發(fā)生使研究具有很大的復(fù)雜性和困難度。這時(shí)，籠統(tǒng)的劃分直系同源和旁系同源關(guān)系并不足以解決問題，我們需要一個(gè)更為精確的分類。為了區(qū)別于B1和C1的簡單的直向同源關(guān)系，把B2和C2/C3的同源稱為“共生直向同源”co—ortholog)或“橫向同源基因家族譜系特異性擴(kuò)充”(1ineage—specificexpansionofparalogousfamily)。為了區(qū)分C2和C3、B1和C2/C3這兩種同源關(guān)系，可以根據(jù)物種分化和基因重復(fù)的發(fā)生的先后次序，把旁系同源基因又分為內(nèi)旁系同源基因（inparalog）和外旁系同源基因（outparalog）。在物種分化之后產(chǎn)生旁系同源基因的稱“內(nèi)旁系同源基因”；在物種分化之前產(chǎn)生橫旁系同源基因的稱“外旁系同源基因”。“內(nèi)旁系同源基因”和“外旁系同源基因”只是一種相對(duì)的劃分，取決于所研究的系統(tǒng)和選作標(biāo)準(zhǔn)的某特定分化事件。若以第二次物種分化為準(zhǔn)線，則C2和C3的分離發(fā)生在物種分化之后，因此它們互為內(nèi)旁系同源基因；B1和C2/C3的分離發(fā)生在物種分化之前，因此B1和C2/C3互為外旁系同源基因。組成DNA的堿基雖然有4種，但SNP一般只有兩種堿基組成。

旁系同源基因（paralogousgene）又譯為“橫向同源基因”、“并系同源基因”或“平行進(jìn)化同源基因”，是指由于基因復(fù)制而產(chǎn)生的同源基因，例如人γ一珠蛋白基因和β一珠蛋白基因?；驈?fù)制后，進(jìn)化選擇壓力變小，其中一條基因丟失或發(fā)生沉默，都能促使旁系同源基因分化，產(chǎn)生新特性或新功能的原因。然而，雖然某些旁系同源基因轉(zhuǎn)錄區(qū)序列相似度不高，但它們的操縱子卻仍然具有較高的保守度。值得注意的是，旁系同源基因并不局限于同一物種內(nèi)，不同物種中由于始祖基因的復(fù)制而分化的基因也稱旁系同源基因，如鼠α一珠蛋白和雞β一珠蛋白基因。隨著時(shí)間的推移，它們?cè)谛蛄薪M成和功能上可能會(huì)變得不同。高同源區(qū)段是二倍體和多倍體都存在的，由于多倍體來自染色體加倍，高同源區(qū)段在多倍體中更是普遍現(xiàn)象。江蘇同源區(qū)段SNP分型技術(shù)服務(wù)

多態(tài)性是一個(gè)群體概念，多態(tài)性指這個(gè)差異占群體的1%以上。否則就叫突變（小于1%）。南京高同源區(qū)段SNP分型報(bào)告

上海翼和多倍體擴(kuò)增子測(cè)序SNP分型，結(jié)合多重PCR技術(shù)和高通量測(cè)序技術(shù)，對(duì)需要檢測(cè)的位點(diǎn)設(shè)計(jì)特異性引物，在單管內(nèi)進(jìn)行多重PCR擴(kuò)增，不同的樣本以不同的Barcode引物區(qū)分，對(duì)擴(kuò)增子進(jìn)行高通量測(cè)序。測(cè)序結(jié)果使用生物信息學(xué)方法，區(qū)分不同的樣本。并且將多倍體的不同基因組進(jìn)行拆分后，對(duì)測(cè)序短序列進(jìn)行精細(xì)reads mapping，剔除HSV和PSV干擾，**終獲得每個(gè)位點(diǎn)準(zhǔn)確的分型信息。上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司是上海市遺傳學(xué)會(huì)理事單位，是上海市高新技術(shù)企業(yè)。南京高同源區(qū)段SNP分型報(bào)告

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