成都目標區(qū)間甲基化重測序哪里好

來源: 發(fā)布時間:2021-12-30

DNA甲基化作為一種重要的表觀修飾,在調控基因的時空特異性表達中扮演著關鍵的角色,參與了X染色體失活、基因組印記和重復序列抑制等諸多生命過程。哺乳動物細胞的DNA甲基化主要發(fā)生在CpG二核苷酸對的C(胞嘧啶)上,并在有絲分裂過程中得以相對穩(wěn)定的維持,這對細胞保持譜系特性有著重要的意義。上海翼和應用生物技術有限公司自主研發(fā)的Hi-MethylSeq技術,可對對大規(guī)模群體的候選基因甲基化水平進行檢測。上海翼和生物是上海市遺傳學會理事單位。目標區(qū)域甲基化重測序(Hi-Methylseq)結合了亞硫酸鹽轉換、靶向擴增子高通量測序技術。成都目標區(qū)間甲基化重測序哪里好

目標區(qū)域甲基化重測序(Hi-MethylSeq),又叫重亞硫酸鹽擴增子測序(Bisulfite Amplicon Sequencing, BSAS)。在前期全基因組甲基化測序、全基因組甲基化芯片等工作基礎上,或者依據(jù)文獻報道目的基因甲基化與性狀/疾病關聯(lián),選擇感興趣的目的區(qū)間或候選基因,利用Hi-MethylSeq技術對大規(guī)模群體的候選基因甲基化水平進行檢測。Hi-MethylSeq技術通過亞硫酸氫鹽(bisulfite)處理,用多重PCR擴增目的片段,添加barcode和測序通用接頭,在Illumina X10二代測序平臺對PCR產物進行高通量測序,利用生物信息學方法,精確定量計算目標區(qū)間內的甲基化位點的甲基化狀態(tài),在完成目標區(qū)域檢測的同時大幅降低研究費用。成都目標區(qū)間甲基化重測序哪里好DNA甲基化屬于表觀遺傳的范疇。

DNA甲基化可以抑制基因表達。其機制是當DNA甲基化出現(xiàn)在啟動子區(qū),其會強化啟動子序列的異染色質化(染色體擰巴在一起),而使轉錄起始復合物無法接近和結合,從而強化基因的轉錄抑制。只有保持開放性常染色質狀態(tài)的轉錄起始位點,才能保證轉錄起始蛋白復合物可接近并結合這個區(qū)域,從而保證基因的轉錄表達。當DNA甲基化出現(xiàn)在編碼基因不同區(qū)域的時候(上游,基因區(qū)或下游),其對基因表達的影響也是不同的。同時,DNA甲基化不僅只影響基因轉錄,實際上其與組蛋白修飾、DNA突變、小RNA表達等都有非常復雜的相互調控作用。

WGBS能為基因組DNA甲基化時空特異性修飾的研究提供重要技術支持,能廣泛應用在個體發(fā)育、衰老和疾病等生命過程的機制研究中,也是各物種甲基化圖譜研究的優(yōu)先方法。常規(guī)全基因組甲基化測序技術通過T4-DNA連接酶,在超聲波打斷基因組DNA段的兩端連接接頭序列,連接產物通過重亞硫酸鹽處理將未甲基化修飾的胞嘧啶C轉變?yōu)槟蜞奏,進而通過接頭序列介導的 PCR 技術將尿嘧啶U轉變?yōu)樾叵汆奏。上海翼和是上海市遺傳學會理事單位,上海市高新技術企業(yè),至今已有十六年的歷史。表觀遺傳學研究已經證實了特定基因區(qū)域的DNA甲基化修飾對于染色體構象、基因表達調控機制有著重要影響。

DNA甲基化(DNA methylation)為DNA化學修飾的一種形式,能夠在不改變DNA序列的前提下,改變遺傳表現(xiàn)。所謂DNA甲基化是指在DNA甲基化轉移酶的作用下,在基因組CpG二核苷酸的胞嘧啶5號碳位共價鍵結合一個甲基基團。大量研究表明,DNA甲基化能引起染結構、DNA構象、DNA穩(wěn)定性及DNA與蛋白質相互作用方式的改變,從而控制基因表達。WGBS是基于重亞硫酸鹽的甲基化分析方法,首先通過Bisulfite對樣本DNA進行處理,將未甲基化的C堿基轉化為U堿基,而甲基化的C堿基則不會改變,進行PCA擴增后U堿基會變成T,與原本甲基化的C堿基區(qū)分開,再結合高通量測序技術,可繪制單堿基分辨率的全基因組DNA甲基化圖譜。全基因組DNA甲基化測序是用 Bisulfite 處理DNA序列。成都目標區(qū)間甲基化重測序哪里好

WGBS(Whole Genome Bisulfite Sequence)全基因組甲基化測序.成都目標區(qū)間甲基化重測序哪里好

亞硫酸氫鹽測序法用亞硫酸氫鈉對 DNA 進行化學處理會使甲基化特異性序列變異,從而可以通過NGS進行定位和量化,主要的DNA甲基化數(shù)據(jù)分析流程:獲得DNA甲基化數(shù)據(jù)之后,首先,需要對數(shù)據(jù)進行處理和質量的基本控制,包括原始測序和芯片數(shù)據(jù)的讀取、轉換到產生準確的DNA甲基化圖譜;其次,需要對DNA甲基化位點的結果進行可視化,并且利用統(tǒng)計學方法鑒定樣本特異性差異的DNA甲基化位點;第三,驗證 DNA 甲基化差異位點,并且對其進行生物學解釋。成都目標區(qū)間甲基化重測序哪里好

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