上海目標(biāo)位點(diǎn)甲基化重測(cè)序機(jī)構(gòu)

DNA甲基化是表觀遺傳學(xué)修飾的主要形式，甲基化模式的異常促進(jìn)細(xì)胞惡性轉(zhuǎn)化，參與tumour演進(jìn)。許多基因具有tumour特異性的甲基化表型，一方面基因組普遍的低甲基化引起原cancer基因活化，基因組不穩(wěn)定性增加；另一方面啟動(dòng)子區(qū)的高甲基化，引起抑cancer基因及錯(cuò)配修復(fù)基因表達(dá)沉默，導(dǎo)致tumour的發(fā)生。研究表明，基因組的低甲基化隨著細(xì)胞惡性度的增加而愈加明顯，是病情診斷的重要指標(biāo)；此外，CpG島局部的高甲基化發(fā)生于細(xì)胞惡變之前，能在早期預(yù)測(cè)tumour的發(fā)生，其也能有效地預(yù)測(cè)tumour的復(fù)發(fā)和轉(zhuǎn)移，在tumour的鑒別診斷中亦發(fā)揮重要作用。因此，檢測(cè)tumour發(fā)生中相關(guān)基因的甲基化模式具有重要意義，現(xiàn)就近年來(lái)中外文獻(xiàn)報(bào)道的甲基化檢測(cè)方法進(jìn)行簡(jiǎn)要的分析總結(jié)。Hi-Methylseq結(jié)合了亞硫酸鹽轉(zhuǎn)換、靶向擴(kuò)增子高通量測(cè)序技術(shù)，可實(shí)現(xiàn)多區(qū)段、多位點(diǎn)的甲基化精確定量分析。上海目標(biāo)位點(diǎn)甲基化重測(cè)序機(jī)構(gòu)

DNA 甲基化是早發(fā)現(xiàn)的基因表觀修飾方式之一,可能存在于所有高等生物中。DNA 甲基化能關(guān)閉某些基因的活性，去甲基化則誘導(dǎo)了基因的重新活化和表達(dá)。甲基化的主要形式有5-甲基胞嘧啶,N6-甲基腺嘌呤和7-甲基鳥(niǎo)嘌呤。原核生物中CCA/TGG和GATC常被甲基化，而真核生物中甲基化發(fā)生于胞嘧啶。DNA 的甲基化是在DNA 甲基化轉(zhuǎn)移酶（DNMTs）的作用下使CpG二核苷酸5'端的胞嘧啶轉(zhuǎn)變?yōu)?'甲基胞嘧啶。這種DNA 修飾方式并沒(méi)有改變基因序列，但是它調(diào)控了基因的表達(dá)。蘇州目標(biāo)區(qū)間甲基化重測(cè)序分析上海翼和生物通過(guò)亞硫酸氫鹽（bisulfite）處理，用多重PCR擴(kuò)增目的片段，添加barcode和測(cè)序通用接頭。

DNA甲基化是指針對(duì)DNA序列上的CpG島，由甲基化轉(zhuǎn)移酶將S腺苷甲硫氨酸的甲基轉(zhuǎn)移給胞嘧啶。其中，5’甲基胞嘧啶(5mC) 的甲基化是一個(gè)非常重要的表觀遺傳學(xué)修飾事件，該事件能夠調(diào)控基因活性，并影響著如細(xì)胞分化、轉(zhuǎn)錄調(diào)控和染色質(zhì)重塑等生物學(xué)過(guò)程。重亞硫酸鹽測(cè)序可以從單個(gè)堿基水平分析基因組中甲基化的胞嘧啶。首先，利用重?zé)熈蛩猁}對(duì)基因組DNA進(jìn)行處理，將未發(fā)生甲基化的胞嘧啶脫氨基變成尿嘧啶。而發(fā)生了甲基化的胞嘧啶未發(fā)生脫氨基，因而，可以基于此將經(jīng)重亞硫酸鹽處理的和未處理的測(cè)序樣本進(jìn)行比較來(lái)發(fā)現(xiàn)甲基化的位點(diǎn)。

目標(biāo)區(qū)域甲基化重測(cè)序（Hi-MethylSeq），又叫重亞硫酸鹽擴(kuò)增子測(cè)序（Bisulfite Amplicon Sequencing， BSAS）。在前期全基因組甲基化測(cè)序、全基因組甲基化芯片等工作基礎(chǔ)上，或者依據(jù)文獻(xiàn)報(bào)道目的基因甲基化與性狀/疾病關(guān)聯(lián)，選擇感興趣的目的區(qū)間或候選基因，利用Hi-MethylSeq技術(shù)對(duì)大規(guī)模群體的候選基因甲基化水平進(jìn)行檢測(cè)。Hi-MethylSeq技術(shù)通過(guò)亞硫酸氫鹽（bisulfite）處理，用多重PCR擴(kuò)增目的片段，添加barcode和測(cè)序通用接頭，在Illumina X10二代測(cè)序平臺(tái)對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行高通量測(cè)序，利用生物信息學(xué)方法，精確定量計(jì)算目標(biāo)區(qū)間內(nèi)的甲基化位點(diǎn)的甲基化狀態(tài)，在完成目標(biāo)區(qū)域檢測(cè)的同時(shí)大幅降低研究費(fèi)用。WGBS全稱(chēng)全基因組重亞硫酸鹽測(cè)序，該方法通過(guò)Bisulfite處理。

DNA甲基化屬于表觀遺傳的范疇。表觀遺傳屬于一種可以對(duì)環(huán)境產(chǎn)生應(yīng)答和改變的遺傳機(jī)制。機(jī)體細(xì)胞在經(jīng)歷脅迫、創(chuàng)傷等環(huán)境變化后，會(huì)產(chǎn)生特定的應(yīng)答，并往往會(huì)用DNA甲基化、組蛋白修飾等形式將應(yīng)激的模式記錄在DNA修飾中。這種脅迫記憶可以幫助細(xì)胞在面臨下一次應(yīng)激的時(shí)候快速適應(yīng)。同時(shí)，這種表觀修飾可以通過(guò)遺傳的方式傳遞給下一代細(xì)胞。對(duì)于高等動(dòng)植物，通常壽命都比較漫長(zhǎng)。在漫長(zhǎng)的一生中，一方面機(jī)體會(huì)經(jīng)歷大量的環(huán)境應(yīng)答，另一方面細(xì)胞將會(huì)分裂多代。那么機(jī)體就更需要將應(yīng)答的信息，存儲(chǔ)在DNA甲基化中傳遞給后代的細(xì)胞，以提高這個(gè)物種的環(huán)境適應(yīng)能力。DNA甲基化可引起基因組中相應(yīng)區(qū)域染色質(zhì)結(jié)構(gòu)變化,使DNA失去核酶限制性?xún)?nèi)切酶的切割位點(diǎn),。浙江目標(biāo)區(qū)域甲基化重測(cè)序公司

DNA甲基化是基因組DNA的一種主要表觀遺傳修飾形式。上海目標(biāo)位點(diǎn)甲基化重測(cè)序機(jī)構(gòu)

亞硫酸氫鈉轉(zhuǎn)化是分析胞嘧啶甲基化效果比較好的工具之一。該方法基于亞硫酸氫鈉對(duì) DNA 的處理，確定其甲基化模式。重亞硫酸鹽測(cè)序本質(zhì)上就是重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化與二代測(cè)序（NGS）的結(jié)合。甲基化的金標(biāo)準(zhǔn)是亞硫酸氫鹽測(cè)序法：用亞硫酸氫鹽處理DNA，未發(fā)生甲基化的胞嘧啶能夠被轉(zhuǎn)化為尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶則保持不變，通過(guò)后續(xù)的測(cè)序即可檢測(cè)。利用亞硫酸氫鹽的這種原理，可以衍生出多種甲基化檢測(cè)方法，如甲基化特異性的PCR和高分辨率熔解曲線(xiàn)法。上海目標(biāo)位點(diǎn)甲基化重測(cè)序機(jī)構(gòu)

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