同源SNP分型怎么解決

來源: 發(fā)布時(shí)間:2021-11-25

上海翼和生物根據(jù)具體實(shí)驗(yàn)規(guī)模,提供兩種檢測(cè)平臺(tái),分別為:適合中低通量檢測(cè)的PCR-LDR分型服務(wù)和適合高通量的基于二代Hi-SNP分型服務(wù)。PCR-LDR SNP分型服務(wù):PCR-LDR技術(shù)是PCR技術(shù)和LDR(Ligase Detection Reaction,連接酶檢測(cè)反應(yīng))想結(jié)合的檢測(cè)技術(shù)。LDR是利用高溫連接酶實(shí)現(xiàn)對(duì)基因多態(tài)性位點(diǎn)的識(shí)別。高溫連接酶一旦檢測(cè)到DNA與互補(bǔ)的兩條寡聚核苷酸接頭對(duì)應(yīng)處存在著基因點(diǎn)突變類型的堿基錯(cuò)配,則連接反應(yīng)就不能進(jìn)行,反之則可以進(jìn)行連接反應(yīng)。Hi-SNP結(jié)合多重PCR技術(shù)和高通量測(cè)序技術(shù),對(duì)需要檢測(cè)的位點(diǎn)設(shè)計(jì)特異性引物,在單管內(nèi)進(jìn)行多重PCR擴(kuò)增,不同的樣本以不同的Barcode引物區(qū)分。混合樣本后,在illumina 等主流測(cè)序平臺(tái)上,對(duì)擴(kuò)增子進(jìn)行高通量測(cè)序。測(cè)序結(jié)果使用生物信息學(xué)方法,區(qū)分不同的樣本,,終獲得每個(gè)位點(diǎn)的SNP信息。高通量測(cè)序能一次對(duì)幾百萬條DNA分子進(jìn)行序列測(cè)定,相比其他的SNP檢測(cè)技術(shù),基于高通量測(cè)序的SNP分型具有更準(zhǔn)確、更靈敏的特點(diǎn)。由于SNP的二態(tài)性,非此即彼,在基因組篩選中SNPs往往只需+/-的分析這就利于發(fā)展自動(dòng)化技術(shù)篩選或檢測(cè)SNPs.同源SNP分型怎么解決

1. SNP數(shù)量多,分布比較常見。據(jù)估計(jì),人類基因組中每1000個(gè)核苷酸就有一個(gè)SNP,人類30億堿基***有300萬以上的SNPs.SNP 遍布于整個(gè)人類基因組中,根據(jù)SNP在基因中的位置,可分為基因編碼區(qū)SNPs(Coding-region SNPs,cSNPs)、基因周邊SNPs(Perigenic SNPs,pSNPs)以及基因間SNPs(Intergenic SNPs,iSNPs)等三類。2、 SNP適于快速、規(guī)模化篩查。組成DNA的堿基雖然有4種,但SNP一般只有兩種堿基組成,所以它是一種二態(tài)的標(biāo)記,即二等位基因(biallelic)。 由于SNP的二態(tài)性,非此即彼,在基因組篩選中SNPs往往只需+/-的分析,而不用分析片段的長(zhǎng)度,這就利于發(fā)展自動(dòng)化技術(shù)篩選或檢測(cè)SNPs.3、SNP等位基因頻率的容易估計(jì)。采用混和樣本估算等位基因的頻率是種高效快速的策略。該策略的原理是:首先選擇參考樣本制作標(biāo)準(zhǔn)曲線,然后將待測(cè)的混和樣本與標(biāo)準(zhǔn)曲線進(jìn)行比較,根據(jù)所得信號(hào)的比例確定混和樣本中各種等位基因的頻率。4、易于基因分型。SNPs的二態(tài)性,也有利于對(duì)其進(jìn)行基因分型。浙江分型哪個(gè)公司做高同源區(qū)段是二倍體和多倍體都存在的,由于多倍體染色體加倍,所以高同源區(qū)段在多倍體中更是普遍現(xiàn)象。

SNP全稱Single Nucleotide Polymorphism,即單核苷酸多態(tài)性,是指在基因組上單個(gè)核苷酸的變異,包括轉(zhuǎn)換,顛換,插入和缺失,形成的遺傳標(biāo)記,其數(shù)量很多,多態(tài)性豐富,有些SNP位點(diǎn)直接影響基因功能,從而導(dǎo)致生物性狀改變。SNP是研究人類家族和動(dòng)植物品系遺傳變異的重要依據(jù),因此被比較常見用于群體遺傳學(xué)研究和疾病相關(guān)基因的研究。上海翼和應(yīng)用生物公司開展此業(yè)務(wù)有十余年了,技術(shù)水平過硬和售后服務(wù)周到,得到客戶的一致好評(píng),而且價(jià)格優(yōu)惠。

連接酶檢測(cè)反應(yīng)(LigaseDetectionReaction,LDR)是利用高溫連接酶實(shí)現(xiàn)對(duì)基因多態(tài)性位點(diǎn)的識(shí)別,高溫連接酶一旦檢測(cè)到DNA與互補(bǔ)的兩條寡聚核苷酸接頭對(duì)應(yīng)處存在著基因點(diǎn)突變類型的堿基錯(cuò)配,連接反應(yīng)就不能進(jìn)行。該方法,對(duì)SNP位點(diǎn)同時(shí)設(shè)計(jì)兩條有長(zhǎng)度差異的探針,當(dāng)探針末端與模板有一個(gè)堿基不配對(duì),所以連接反應(yīng)不能進(jìn)行,沒有連接產(chǎn)物;相反,若探針與模板DNA完全互補(bǔ),故進(jìn)行連接反應(yīng),通過溫控循環(huán),該特異性連接反應(yīng)可反復(fù)進(jìn)行,達(dá)到線性擴(kuò)增的效果。,后通過熒光掃描片段長(zhǎng)度,實(shí)現(xiàn)對(duì)SNP位點(diǎn)的檢測(cè)。多重長(zhǎng)片段巢式PCR技術(shù),對(duì)幾個(gè)幾十個(gè)高同源SNP位點(diǎn)、大量樣本的分型項(xiàng)目都適用。

常見的SNP既可以出現(xiàn)在基因編碼區(qū),也可以出現(xiàn)在非編碼區(qū),雖然發(fā)生在編碼區(qū)的概率相對(duì)較小,但會(huì)影響基因的功能,導(dǎo)致生物性狀改變,在遺傳性疾病的研究中具有非常重要的意義。SNP作為第三代遺傳標(biāo)記,其分布密度高,遍布于整個(gè)動(dòng)物和人類基因組中;與功能基因具有高度關(guān)聯(lián)性;突變率低,遺傳穩(wěn)定性強(qiáng);檢測(cè)通量高便于自動(dòng)化分析。某些SNP位點(diǎn)并不直接與疾病基因的表達(dá)相關(guān)聯(lián),但因?yàn)樗c某些致病基因相鄰,所以成為重要的遺傳標(biāo)記。組成DNA的堿基雖然有4種,但SNP一般只有兩種堿基組成。北京SNP基因分型分析

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Hi-SNP結(jié)合多重PCR技術(shù)和高通量測(cè)序技術(shù),對(duì)需要檢測(cè)的位點(diǎn)設(shè)計(jì)特異性引物,在單管內(nèi)進(jìn)行多重PCR擴(kuò)增,不同的樣本以不同的Barcode引物區(qū)分?;旌蠘颖竞?,在Ion Proton/Ion Torrent平臺(tái)上,對(duì)擴(kuò)增子進(jìn)行高通量測(cè)序。測(cè)序結(jié)果使用生物信息學(xué)方法,區(qū)分不同的樣本,,終獲得每個(gè)位點(diǎn)的SNP信息。高通量測(cè)序能一次對(duì)幾百萬條DNA分子進(jìn)行序列測(cè)定,相比其他的SNP檢測(cè)技術(shù),基于高通量測(cè)序的SNP分型具有更準(zhǔn)確、更靈敏的特點(diǎn)。上海翼和生物提供高同源區(qū)段SNP分型服務(wù)。


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