DNA甲基化作為重要的表觀遺傳學調控機制在許多關鍵的生物學過程如發(fā)育及疾病的進展中扮演著重要的作用,相對于基于PCR、芯片等傳統(tǒng)檢測手段,全基因組亞硫酸氫鹽測序(Whole Genome Bisulfite Sequencing, WGBS) 技術可通過將高效的亞硫酸氫鹽轉化與高通量測序文庫構建方法相結合 (Post-BS WGBS),可在單堿基的分辨率下對來自更多樣本基因組中的甲基化位點進行準確的分析,既可以覆蓋所有甲基化位點,還能夠配合靶向技術檢測低頻甲基化信號,已成為目前在業(yè)界受到普遍關注的一種主流方法。DNA甲基化是DNA化學修飾的一種形式,能夠在不改變DNA序列的前提下,改變遺傳表現(xiàn)。河南目標位點甲基化重測序哪里做
DNA甲基化是一種表觀遺傳修飾,它是由DNA甲基轉移酶(DNA methyl-transferase, DNMT)催化S-腺苷甲硫氨酸(S-adenosylmethionine, SAM)作為甲基供體,將胞嘧啶轉變?yōu)?-甲基胞嘧啶(mC)的一種反應,在真核生物DNA中,5-甲基胞嘧啶是存在的化學性修飾堿基。CG二核苷酸是**主要的甲基化位點,它在基因組中呈不均勻分布,存在高甲基化、低甲基化和非甲基化的區(qū)域,在哺乳動物中mC約占C總量的2-7%。甲基化檢測服務-亞硫酸氫鈉處理后測序法 (bisulfite genomic sequencing PCR, BSP)是利用未甲基化的胞嘧啶可以被亞硫酸氫鈉發(fā)生脫氨基變?yōu)槟蜞奏さ脑?,用兩一特異性引物擴增后測序。測序法克服了只能針對單個位點檢測,并且這些位點必須是限制性內(nèi)切酶識別位點的缺點,可以對任何基因序列的甲基化狀態(tài)進行檢測。天津目標區(qū)間甲基化重測序哪里好亞硫酸氫鹽處理是一種分類5-甲基胞嘧啶和非甲基化堿基的有效方法之一。
DNA去甲基化分為兩類:主動去甲基化(Active DNA Demethylation)和被動去甲基化(Passive DNA Demethylation)。基因組甲基化模式的形成主要依賴于主動去甲基化,主要涉及一類具有DNA去甲基化功能的蛋白,可能存在的五種機制a. DNA轉葡糖基酶參與的堿基切除修復(base excision repair;BER):5-mC 由DNA 轉葡糖基酶直接去除。此途徑主要存在于植物體內(nèi),動物體內(nèi)也可能存在。b.脫氨酶參與的堿基切除修復:5-mC 脫氨變成胸腺嘧啶T,形成G/T 錯配,進入BER 途徑。這一途徑主要存在于動物體中,植物體中也可能存在。c.核苷酸外切修復機制(nucleotide excision repair;NER):直接移除甲基化的CpG 二核苷酸。d.氧化去甲基化:發(fā)生氧化反應打開碳-碳鍵,直接去除甲基基團。e.水解去甲基化:水解胞嘧啶的甲基基團,使其以甲醇的形式被釋放。DNA被動去甲基化是指當DNMTs活性被抑制或濃度過低時,無法維持原有的甲基化狀態(tài),使DNA甲基化程度降低的過程,這類去甲基化通常發(fā)生在細胞復制的兩個周期之間,涉及到某些可與DNMTs結合的因子,其結合后形成的復合物可以阻止DNMTs與DNA的結合。
DNA甲基化是表觀遺傳學領域研究的重點之一。DNA甲基化是指在DNA甲基轉移酶(DNA methyltransferase, 縮寫DNMT)的作用下,基因組DNA序列上CpG島的二核苷酸5′端胞嘧啶轉變?yōu)?′甲基胞嘧啶(5′ methylcytosine, 縮寫5mC)。這種DNA修飾的方式并未改變基因的序列, 但能改變某些基因的表達,從而影響生物學功能。DNA 甲基化參與眾多的細胞生命活動,包括細胞分化、組織特異性基因表達、基因組印記、X 染色體失活等。異常的 DNA 甲基化會導致發(fā)育異常、tumour等疾病的發(fā)生。DNA甲基化是在DNA甲基化轉移(DNMTs)的作用下使CpG二核苷酸5'端的胞嘧啶轉變?yōu)?'甲基胞嘧啶。
亞硫酸氫鈉轉化是分析胞嘧啶甲基化效果比較好的工具之一。該方法基于亞硫酸氫鈉對 DNA 的處理,確定其甲基化模式。重亞硫酸鹽測序本質上就是重亞硫酸鹽轉化與二代測序(NGS)的結合。甲基化的金標準是亞硫酸氫鹽測序法:用亞硫酸氫鹽處理DNA,未發(fā)生甲基化的胞嘧啶能夠被轉化為尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶則保持不變,通過后續(xù)的測序即可檢測。利用亞硫酸氫鹽的這種原理,可以衍生出多種甲基化檢測方法,如甲基化特異性的PCR和高分辨率熔解曲線法。WGBS全稱全基因組重亞硫酸鹽測序,該方法通過Bisulfite處理。廣州目標位點甲基化重測序哪里好
DNA甲基化通常抑制基因表達,去甲基化則誘導了基因的重新活化和表達。河南目標位點甲基化重測序哪里做
DNA甲基化主要形成5-甲基胞嘧啶(5-mC)和少量的N6-甲基嘌呤(N6-mA)及7-甲基鳥嘌呤(7-mG)。結構基因含有很多CPG結構, 2CPG 和2GPC 中兩個胞嘧啶的5 位碳原子通常被甲基化, 且兩個甲基集團在DNA 雙鏈大溝中呈特定三維結構?;蚪M中60%~ 90% 的CPG 都被甲基化, 未甲基化的CPG 成簇地組成CPG 島,位于結構基因啟動子的core序列和轉錄起始點。有實驗證明超甲基化阻遏轉錄的進行。DNA 甲基化可引起基因組中相應區(qū)域染色質結構變化, 使DNA 失去核酶ö限制性內(nèi)切酶的切割位點, 以及DNA 酶的敏感位點, 使染色質高度螺旋化, 凝縮成團, 失去轉錄活性。5 位C 甲基化的胞嘧啶脫氨基生成胸腺嘧啶, 由此可能導致基因置換突變, 發(fā)生堿基錯配: T2G, 如果在細胞分裂過程中不被糾正,就會誘發(fā)遺傳病或cancer, 而且, 生物體甲基化的方式是穩(wěn)定的, 可遺傳的。河南目標位點甲基化重測序哪里做
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