DNA甲基化主要形成5-甲基胞嘧啶(5-mC)和少量的N6-甲基嘌呤(N6-mA)及7-甲基鳥嘌呤(7-mG)。結(jié)構(gòu)基因含有很多CPG結(jié)構(gòu), 2CPG 和2GPC 中兩個(gè)胞嘧啶的5 位碳原子通常被甲基化, 且兩個(gè)甲基集團(tuán)在DNA 雙鏈大溝中呈特定三維結(jié)構(gòu)?;蚪M中60%~ 90% 的CPG 都被甲基化, 未甲基化的CPG 成簇地組成CPG 島,位于結(jié)構(gòu)基因啟動子的core序列和轉(zhuǎn)錄起始點(diǎn)。有實(shí)驗(yàn)證明超甲基化阻遏轉(zhuǎn)錄的進(jìn)行。DNA 甲基化可引起基因組中相應(yīng)區(qū)域染色質(zhì)結(jié)構(gòu)變化, 使DNA 失去核酶ö限制性內(nèi)切酶的切割位點(diǎn), 以及DNA 酶的敏感位點(diǎn), 使染色質(zhì)高度螺旋化, 凝縮成團(tuán), 失去轉(zhuǎn)錄活性。5 位C 甲基化的胞嘧啶脫氨基生成胸腺嘧啶, 由此可能導(dǎo)致基因置換突變, 發(fā)生堿基錯配: T2G, 如果在細(xì)胞分裂過程中不被糾正,就會誘發(fā)遺傳病或cancer, 而且, 生物體甲基化的方式是穩(wěn)定的, 可遺傳的。全基因組DNA甲基化測序是用 Bisulfite 處理DNA序列。杭州CPG島甲基化重測序
DNA甲基化主要發(fā)生在啟動子區(qū)CPG島,在調(diào)節(jié)基因表達(dá)和其他功能方面起著關(guān)鍵作用.異常的DNA甲基化可參與調(diào)控疾病相關(guān)的分子信號通路,從而影響其正常功能。DNA甲基化在生物個(gè)體的生長發(fā)育與繁殖過程中,維持遺傳物質(zhì)的穩(wěn)定性是至關(guān)重要的。細(xì)胞采用多種機(jī)制來保證DNA復(fù)制的忠實(shí)性,如DNA的雙螺旋結(jié)構(gòu)與半保留復(fù)制模式為遺傳物質(zhì)的穩(wěn)定提供了物質(zhì)基礎(chǔ);DNA聚合酶Ⅲ除了具有DNA聚合酶活性外還具有5’到3’的核酸外切酶活性,可及時(shí)去除錯配摻人的堿基;DNA復(fù)制后存在多種修復(fù)機(jī)制進(jìn)一步保證了遺傳物質(zhì)的穩(wěn)定性。DNA甲基化在DNA復(fù)制起始、錯配修復(fù)、細(xì)菌中寄主控制的修飾與限制以及轉(zhuǎn)座子的失活等過程中對維持遺傳信息的穩(wěn)定性發(fā)揮著重要的作用。浙江全基因組甲基化重測序哪里做全基因組甲基化測序:利用Bisulfite(亞硫酸鹽)對基因組進(jìn)行處理后上機(jī)測序。
目標(biāo)區(qū)域甲基化重測序(Hi-MethylSeq),又叫重亞硫酸鹽擴(kuò)增子測序(Bisulfite Amplicon Sequencing, BSAS)。在前期全基因組甲基化測序、全基因組甲基化芯片等工作基礎(chǔ)上,或者依據(jù)文獻(xiàn)報(bào)道目的基因甲基化與性狀/疾病關(guān)聯(lián),選擇感興趣的目的區(qū)間或候選基因,利用Hi-MethylSeq技術(shù)對大規(guī)模群體的候選基因甲基化水平進(jìn)行檢測。Hi-MethylSeq技術(shù)通過亞硫酸氫鹽(bisulfite)處理,用多重PCR擴(kuò)增目的片段,添加barcode和測序通用接頭,在Illumina X10二代測序平臺對PCR產(chǎn)物進(jìn)行高通量測序,利用生物信息學(xué)方法,精確定量計(jì)算目標(biāo)區(qū)間內(nèi)的甲基化位點(diǎn)的甲基化狀態(tài),在完成目標(biāo)區(qū)域檢測的同時(shí)大幅降低研究費(fèi)用。
DNA甲基化是表觀遺傳調(diào)控的常見機(jī)制。啟動子區(qū)域的高度甲基化可導(dǎo)致基因表達(dá)改變。甲基化多發(fā)生于胞嘧啶(cytosine, C)位置。在細(xì)胞和組織分化、疾病發(fā)生以及適應(yīng)環(huán)境等過程中,甲基化狀態(tài)可發(fā)生改變。高精確度全基因組甲基化修飾狀態(tài)的分析,將為發(fā)育、育種、tumour標(biāo)志物鑒定或藥物靶標(biāo)尋找等研究奠定基礎(chǔ)。全基因組甲基化測序結(jié)合了亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化(bisulfite conversion)方法與新一代高通量測序技術(shù),可在單堿基分辨率水平上高效地檢測全基因組DNA甲基化狀態(tài)。亞硫酸氫鹽處理可以使DNA中未發(fā)生甲基化的胞嘧啶脫氨基轉(zhuǎn)變成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶保持不變,PCR擴(kuò)增所需片段,則尿嘧啶全部轉(zhuǎn)化成胸腺嘧啶。對PCR產(chǎn)物進(jìn)行高通量測序,與參考序列比對,即可判斷CpG/CHG/CHH位點(diǎn)是否發(fā)生甲基化。DNA甲基化的位置主要集中在基因5′端的非編碼區(qū),DNA高度甲基化首先會影響DNA結(jié)構(gòu),引起基因沉默。
DNA甲基化是表觀遺傳學(xué)的重要內(nèi)容。DNA甲基化是基因組DNA的一種主要表觀遺傳修飾形式。DNA甲基化修飾對于維持正常細(xì)胞功能、傳遞基因組遺傳印記、胚胎發(fā)育以及人類tumour發(fā)生,起著至關(guān)重要的作用。甲基化研究成為表觀遺傳學(xué)的熱點(diǎn),相應(yīng)的技術(shù)也是層出不窮,根據(jù)實(shí)驗(yàn)?zāi)康牡牟煌?,這些技術(shù)大體能夠分成兩類:全基因組甲基化檢測技術(shù)以及特異性位點(diǎn)甲基化檢測技術(shù)。翼和特色內(nèi)容目標(biāo)區(qū)域甲基化測序自主知識產(chǎn)權(quán)超高重PCR為基礎(chǔ),目標(biāo)甲基化區(qū)段特異性捕獲,更具針對性,經(jīng)濟(jì)型基于二代測序,可以獲得目標(biāo)區(qū)域內(nèi)所有C的甲基化數(shù)據(jù)~500X的測序深度,精確計(jì)算每個(gè)位點(diǎn)C的甲基化程度通量高,可同時(shí)對成百上千個(gè)區(qū)域進(jìn)行甲基化程度分析適用于大樣本多區(qū)域的DNA甲基化水平檢測Q30>80%檢出率90%以上,90%以上測序片段測序深度>10X。DNA甲基化屬于表觀遺傳的范疇。江蘇CPG島甲基化重測序送樣要求
DNA甲基化主要發(fā)生在CpG位點(diǎn)。在哺乳動物中,70%到80%的CpG位點(diǎn)的胞嘧啶是甲基化的。杭州CPG島甲基化重測序
DNA甲基化一般是指DNA復(fù)制后,在DNA甲基轉(zhuǎn)移酶的作用下,將S-腺甘酰甲硫氨酸分子上的甲基轉(zhuǎn)移到DNA分子中胞嘧啶殘基的第5位碳原子上,形成5-甲基胞嘧啶的過程,它是真核細(xì)胞生物基因組重要的修飾方式之一。DNA甲基化包括從頭甲基化和維持甲基化2種模式。從頭甲基化是指在從未發(fā)生甲基化的位點(diǎn)上發(fā)生甲基化修飾,建立DNA甲基化的過程;而維持甲基化是指維持甲基化的酶可識別新合成的半甲基化雙鏈DNA,并將甲基添加到新鏈的非甲基化胞嘧啶上。杭州CPG島甲基化重測序
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