廣州高同源區(qū)段SNP分型送樣要求

來源: 發(fā)布時(shí)間:2021-11-12

常見的SNP既可以出現(xiàn)在基因編碼區(qū),也可以出現(xiàn)在非編碼區(qū),雖然發(fā)生在編碼區(qū)的概率相對(duì)較小,但會(huì)影響基因的功能,導(dǎo)致生物性狀改變,在遺傳性疾病的研究中具有非常重要的意義。SNP作為第三代遺傳標(biāo)記,其分布密度高,遍布于整個(gè)動(dòng)物和人類基因組中;與功能基因具有高度關(guān)聯(lián)性;突變率低,遺傳穩(wěn)定性強(qiáng);檢測(cè)通量高便于自動(dòng)化分析。某些SNP位點(diǎn)并不直接與疾病基因的表達(dá)相關(guān)聯(lián),但因?yàn)樗c某些致病基因相鄰,所以成為重要的遺傳標(biāo)記。多重PCR是降低長(zhǎng)片段PCR擴(kuò)增成本的有效方式。廣州高同源區(qū)段SNP分型送樣要求

上機(jī)測(cè)序后,每個(gè)樣本同一個(gè)SNP位置可以讀到數(shù)十或數(shù)百條reads(具體取決于測(cè)序通量),并且能夠清晰看到每條序列的具體信息,通過對(duì)SNP位點(diǎn)的聚類分析,實(shí)現(xiàn)位點(diǎn)基因型的判斷。大規(guī)模樣本中二等位基因reads比分布結(jié)果,每一個(gè)點(diǎn)**一個(gè)樣本一個(gè)SNP位點(diǎn)的聚類結(jié)果,兩端表示純和,中間表示雜合(理想情況,1/0表示純和,0.5表示雜合)。上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司上海翼和專家團(tuán)隊(duì)富有開創(chuàng)精神,朝氣蓬勃,在肖君華博士的帶領(lǐng)下,秉承“專業(yè)、協(xié)作、進(jìn)取”的企業(yè)精神,為科研用戶提供性價(jià)比高、高質(zhì)量可靠的遺傳學(xué)技術(shù)服務(wù)和產(chǎn)品。微信公眾號(hào):上海翼和生物河南高同源序列SNP分型哪里做.高同源區(qū)段在多倍體物種中,又細(xì)分為橫向同源和部分同源。

將待檢測(cè)片段(包含待測(cè)SNP位點(diǎn))進(jìn)行PCR擴(kuò)增并直接進(jìn)行測(cè)序是SNP檢測(cè)方法中,準(zhǔn)確的一種,堪稱SNP分型的“金標(biāo)準(zhǔn)”。獲得測(cè)序峰圖,純和位點(diǎn)為單峰,而雜合位點(diǎn)則為套峰,因此通過查看測(cè)序峰圖很容易將基因型區(qū)分開來。直接測(cè)序法不僅可用于對(duì)已知位點(diǎn)的檢測(cè),還可用于發(fā)現(xiàn)未知的SNP位點(diǎn)。直接測(cè)序法的優(yōu)點(diǎn)是結(jié)果準(zhǔn)確,能發(fā)現(xiàn)未知位點(diǎn),但是其缺點(diǎn)是通量低,成本高。因此直接測(cè)序法適用于少位點(diǎn),少樣本的分型規(guī)模,當(dāng)然土豪實(shí)驗(yàn)室除外!所以這種方法也很難在商業(yè)化大規(guī)模的分型實(shí)驗(yàn)中得到推廣。

高通量二代測(cè)序法SNP基因分型——你有我有,你沒有我也有:上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司通過自主研發(fā)的高重PCR技術(shù),擴(kuò)增引物經(jīng)修飾及優(yōu)化,克服了傳統(tǒng)多重PCR擴(kuò)增效率不均一問題,95%以上擴(kuò)增子的測(cè)序深度在平均測(cè)序深度的0.2X范圍,保證測(cè)序通量的有效利用?;诔咧豍CR技術(shù)平臺(tái)的高通量二代SNP分型服務(wù),適用于多種遺傳學(xué)研究領(lǐng)域,如疾病與基因的關(guān)聯(lián)分析,臨床分子診斷研究,QTL定位及分子育種等大規(guī)模多位點(diǎn)大樣本的SNP分析。長(zhǎng)片段PCR擴(kuò)增跨過高同源區(qū)段是解決高同源區(qū)段SNP分型/序列分析的有效方法。

BLAST是一個(gè)機(jī)遇序列相似性的數(shù)據(jù)庫搜索程序。是“局部相似性基本查詢工具”(BasicLocalAlignmentSearchTool)的縮寫。Blast是一個(gè)序列相似性搜索的程序包,其中包含了很多**的程序,這些程序是根據(jù)查詢對(duì)象和數(shù)據(jù)庫的不同來定義的。上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司是上海市遺傳學(xué)會(huì)理事單位,是上海市高新技術(shù)企業(yè),至今已有十六年歷史,專注于為國內(nèi)科研工作者和生物醫(yī)藥企業(yè)提供各類分子遺傳學(xué)技術(shù)服務(wù)(高同源區(qū)段SNP分型)和質(zhì)控試劑盒。理論上講,SNP既可能是二等位多態(tài)性,也可能是3個(gè)或4個(gè)等位多態(tài)性。廣州高同源區(qū)段SNP分型送樣要求

高同源序列帶來的直接挑戰(zhàn):同源序列的干擾,無法利用簡(jiǎn)單PCR技術(shù)或者探針雜交捕獲技術(shù),將目標(biāo)區(qū)段富集。廣州高同源區(qū)段SNP分型送樣要求

上海翼和多倍體擴(kuò)增子測(cè)序SNP分型,結(jié)合多重PCR技術(shù)和高通量測(cè)序技術(shù),對(duì)需要檢測(cè)的位點(diǎn)設(shè)計(jì)特異性引物,在單管內(nèi)進(jìn)行多重PCR擴(kuò)增,不同的樣本以不同的Barcode引物區(qū)分,對(duì)擴(kuò)增子進(jìn)行高通量測(cè)序。測(cè)序結(jié)果使用生物信息學(xué)方法,區(qū)分不同的樣本。并且將多倍體的不同基因組進(jìn)行拆分后,對(duì)測(cè)序短序列進(jìn)行精細(xì)reads mapping,剔除HSV和PSV干擾,**終獲得每個(gè)位點(diǎn)準(zhǔn)確的分型信息。上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司是上海市遺傳學(xué)會(huì)理事單位,是上海市高新技術(shù)企業(yè)。廣州高同源區(qū)段SNP分型送樣要求

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