上海翼和生物甲基化測序采用的是重亞硫酸鹽擴(kuò)增子測序法(Bisulfite Amplicon Sequencing, BSAS),重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化是研究DNA甲基化的金標(biāo)方法,該技術(shù)基于非甲基化胞嘧啶(C)向尿嘧啶(U)的化學(xué)轉(zhuǎn)化,即用重亞硫酸鹽處理基因組DNA,非甲基化胞嘧啶被轉(zhuǎn)化為尿嘧啶,而甲基化胞嘧啶不發(fā)生這種轉(zhuǎn)化,從而能夠在單核苷酸水平上確定DNA甲基化(圖1)。轉(zhuǎn)化后的序列可以進(jìn)行多種分析,包括重亞硫酸鹽測序、焦磷酸測序、甲基化特異性PCR、高分辨率熔解曲線分析、基于微陣列的方法和下一代測序。DNA甲基化測序可在全基因組水平上比較大限度的、完整的獲取甲基化狀態(tài)信息和與基因表達(dá)調(diào)控的多重關(guān)系.杭州bisulfite甲基化重測序哪里做
DNA甲基化屬于表觀遺傳的范疇。表觀遺傳屬于一種可以對環(huán)境產(chǎn)生應(yīng)答和改變的遺傳機制。機體細(xì)胞在經(jīng)歷脅迫、創(chuàng)傷等環(huán)境變化后,會產(chǎn)生特定的應(yīng)答,并往往會用DNA甲基化、組蛋白修飾等形式將應(yīng)激的模式記錄在DNA修飾中。這種脅迫記憶可以幫助細(xì)胞在面臨下一次應(yīng)激的時候快速適應(yīng)。同時,這種表觀修飾可以通過遺傳的方式傳遞給下一代細(xì)胞。對于高等動植物,通常壽命都比較漫長。在漫長的一生中,一方面機體會經(jīng)歷大量的環(huán)境應(yīng)答,另一方面細(xì)胞將會分裂多代。那么機體就更需要將應(yīng)答的信息,存儲在DNA甲基化中傳遞給后代的細(xì)胞,以提高這個物種的環(huán)境適應(yīng)能力。bisulfite甲基化重測序哪個公司做亞硫酸鹽處理這種方法可靠,且精確度高,能明確目的片段中每一個CpG位點的甲基化狀態(tài)。
DNA甲基化可以抑制基因表達(dá)。其機制是當(dāng)DNA甲基化出現(xiàn)在啟動子區(qū),其會強化啟動子序列的異染色質(zhì)化(染色體擰巴在一起),而使轉(zhuǎn)錄起始復(fù)合物無法接近和結(jié)合,從而強化基因的轉(zhuǎn)錄抑制。只有保持開放性常染色質(zhì)狀態(tài)的轉(zhuǎn)錄起始位點,才能保證轉(zhuǎn)錄起始蛋白復(fù)合物可接近并結(jié)合這個區(qū)域,從而保證基因的轉(zhuǎn)錄表達(dá)。當(dāng)DNA甲基化出現(xiàn)在編碼基因不同區(qū)域的時候(上游,基因區(qū)或下游),其對基因表達(dá)的影響也是不同的。同時,DNA甲基化不僅只影響基因轉(zhuǎn)錄,實際上其與組蛋白修飾、DNA突變、小RNA表達(dá)等都有非常復(fù)雜的相互調(diào)控作用。
DNA甲基化是表觀遺傳學(xué)領(lǐng)域研究的重點之一。DNA甲基化是指在DNA甲基轉(zhuǎn)移酶(DNA methyltransferase, 縮寫DNMT)的作用下,基因組DNA序列上CpG島的二核苷酸5′端胞嘧啶轉(zhuǎn)變?yōu)?′甲基胞嘧啶(5′ methylcytosine, 縮寫5mC)。這種DNA修飾的方式并未改變基因的序列, 但能改變某些基因的表達(dá),從而影響生物學(xué)功能。DNA 甲基化參與眾多的細(xì)胞生命活動,包括細(xì)胞分化、組織特異性基因表達(dá)、基因組印記、X 染色體失活等。異常的 DNA 甲基化會導(dǎo)致發(fā)育異常、tumour等疾病的發(fā)生。Hi-Methylseq結(jié)合了亞硫酸鹽轉(zhuǎn)換、靶向擴(kuò)增子高通量測序技術(shù),可實現(xiàn) 多區(qū)段、多位點的甲基化精確定量分析。
DNA甲基化作為重要的表觀遺傳學(xué)調(diào)控機制在許多關(guān)鍵的生物學(xué)過程如發(fā)育及疾病的進(jìn)展中扮演著重要的作用,相對于基于PCR、芯片等傳統(tǒng)檢測手段,全基因組亞硫酸氫鹽測序(Whole Genome Bisulfite Sequencing, WGBS) 技術(shù)可通過將高效的亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化與高通量測序文庫構(gòu)建方法相結(jié)合 (Post-BS WGBS),可在單堿基的分辨率下對來自更多樣本基因組中的甲基化位點進(jìn)行準(zhǔn)確的分析,既可以覆蓋所有甲基化位點,還能夠配合靶向技術(shù)檢測低頻甲基化信號,已成為目前在業(yè)界受到普遍關(guān)注的一種主流方法。亞硫酸氫鹽處理是一種分類5-甲基胞嘧啶和非甲基化堿基的有效方法之一。南京甲基化重測序哪里做
DNA甲基化可引起基因組中相應(yīng)區(qū)域染色質(zhì)結(jié)構(gòu)變化,使DNA失去核酶限制性內(nèi)切酶的切割位點,。杭州bisulfite甲基化重測序哪里做
DNA甲基化是表觀遺傳修飾的主要方式,能在不改變DNA序列的前提下,改變遺傳表現(xiàn)。為外遺傳編碼(epigenetic code)的一部分,是一種外遺傳機制。DNA甲基化過程會使甲基添加到DNA分子上,例如在胞嘧啶環(huán)的5'碳上:這種5'方向的DNA甲基化方式可見於所有脊椎動物。在人類細(xì)胞內(nèi),大約有1%的DNA堿基受到了甲基化。在成熟體細(xì)胞組織中,DNA甲基化一般發(fā)生於CpG雙核苷酸(CpG dinucleotide)部位;而非CpG甲基化則於胚胎干細(xì)胞中較為常見。植物體內(nèi)胞嘧啶的甲基化則可分為對稱的CpG(或CpNpG),或是不對稱的CpNpNp形式(C與G是堿基;p是磷酸根;N指的是任意的核苷酸)。特定胞嘧碇受甲基化的情形,可利用亞硫酸鹽定序(bisulfite sequencing)方式測定。DNA甲基化可能使基因沉默化,進(jìn)而使其失去功能。此外,也有一些生物體內(nèi)不存在DNA甲基化作用。杭州bisulfite甲基化重測序哪里做
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