杭州目標(biāo)甲基化重測序分析

來源: 發(fā)布時間:2021-11-06

DNA甲基化是指生物體在DNA甲基轉(zhuǎn)移酶(DNA methyltransferase,DMT) 的催化下,以s-腺苷甲硫氨酸(SAM)為甲基供體,將甲基轉(zhuǎn)移到特定的堿基上的過程。DNA甲基化能降低某些基因的表達(dá)活性,去甲基化則能引起基因的重新活化和表達(dá)。DNA甲基化能引起染色質(zhì)的結(jié)構(gòu)、DNA構(gòu)象、DNA穩(wěn)定性及DNA與蛋白質(zhì)之間的相互作用方式的改變,從而影響基因表達(dá)。研究證實,CpG二核苷酸中胞嘧啶的甲基化導(dǎo)致了人體1/3以上由于堿基變異而引起的遺傳性疾病。由于DNA甲基化與人體發(fā)育和tumour疾病的密切關(guān)系,特別是CpG島甲基化引起的抑cancer基因的轉(zhuǎn)錄失活,使得DNA甲基化成為表觀遺傳學(xué)和表觀基因組學(xué)的重要研究內(nèi)容。DNA復(fù)制后胞嘧啶的甲基化會改變DNA的構(gòu)象,使DNA的大溝無法與DNA結(jié)合蛋白正常結(jié)合。杭州目標(biāo)甲基化重測序分析

DNA甲基化(DNA methylation)為DNA化學(xué)修飾的一種形式,能在不改變DNA序列的前提下,改變遺傳表觀。 DNA甲基化在維持細(xì)胞正常功能、傳遞基因組印記,胚胎發(fā)育、tumour發(fā)生等方面發(fā)揮重要作用,目前已經(jīng)成為表觀遺傳學(xué)和表觀基因組學(xué)的研究熱點。DNA甲基化測序可在全基因組水平上比較大限度的、完整的獲取甲基化狀態(tài)信息和與基因表達(dá)調(diào)控的多重關(guān)系,可高效精確完成全基因組甲基化測序及*分辨DNA甲基化譜式繪制,并可對發(fā)現(xiàn)的靶點區(qū)進(jìn)行甲基化特異性PCR驗證。成都全基因組甲基化重測序機(jī)構(gòu)重亞硫酸鹽測序可以從單個堿基水平分析基因組中甲基化的胞嘧啶。

DNA甲基化是表觀遺傳學(xué)的重要內(nèi)容。DNA甲基化是基因組DNA的一種主要表觀遺傳修飾形式。DNA甲基化修飾對于維持正常細(xì)胞功能、傳遞基因組遺傳印記、胚胎發(fā)育以及人類tumour發(fā)生,起著至關(guān)重要的作用。甲基化研究成為表觀遺傳學(xué)的熱點,相應(yīng)的技術(shù)也是層出不窮,根據(jù)實驗?zāi)康牡牟煌?,這些技術(shù)大體能夠分成兩類:全基因組甲基化檢測技術(shù)以及特異性位點甲基化檢測技術(shù)。翼和特色內(nèi)容目標(biāo)區(qū)域甲基化測序自主知識產(chǎn)權(quán)超高重PCR為基礎(chǔ),目標(biāo)甲基化區(qū)段特異性捕獲,更具針對性,經(jīng)濟(jì)型基于二代測序,可以獲得目標(biāo)區(qū)域內(nèi)所有C的甲基化數(shù)據(jù)~500X的測序深度,精確計算每個位點C的甲基化程度通量高,可同時對成百上千個區(qū)域進(jìn)行甲基化程度分析適用于大樣本多區(qū)域的DNA甲基化水平檢測Q30>80%檢出率90%以上,90%以上測序片段測序深度>10X。

表觀遺傳學(xué)研究已經(jīng)證實了特定基因區(qū)域的DNA甲基化修飾對于染色體構(gòu)象、基因表達(dá)調(diào)控機(jī)制有著重要影響,而全基因組DNA甲基化研究將是表觀基因組學(xué)為關(guān)注的內(nèi)容之一。Bisulfite處理能夠?qū)⒒蚪M中未發(fā)生甲基化的C堿基轉(zhuǎn)換成U,進(jìn)行PCR擴(kuò)增后變成T,與原本具有甲基化修飾的C堿基區(qū)分開來,再結(jié)合高通量測序技術(shù),可繪制單堿基分辨率的全基因組DNA甲基化圖譜。特定物種的高精確度甲基化修飾模式的分析,必將在表觀基因組學(xué)研究中具有里程碑式的意義,并且為細(xì)胞分化、組織發(fā)育等基礎(chǔ)機(jī)制研究,以及動植物育種、人類健康與疾病研究奠定基礎(chǔ)。常規(guī)全基因組甲基化測序技術(shù)通過T4-DNA連接酶,在超聲波打斷基因組DNA*段的兩端連接接頭序列。

DNA甲基化是在DNA甲基化轉(zhuǎn)移酶(Dnmt)的作用下將甲基選擇性地添加到胞嘧啶上形成5-胞嘧啶的過程,剛被發(fā)現(xiàn)時被定義為第五種堿基,實際上它是一種重要的表觀遺傳學(xué)標(biāo)記,在調(diào)控基因表達(dá)、維持染色質(zhì)結(jié)構(gòu)、基因印記、X染色體失活以及胚胎發(fā)育等生物學(xué)過程中發(fā)揮著重大的作用,獲得全基因組范圍內(nèi)所有C位點的甲基化水平數(shù)據(jù),對表觀遺傳學(xué)的時空特異性研究具有重要意義,Bisulfite甲基化測序是以新一代高通量測序平臺為基礎(chǔ),結(jié)合全基因組Bisulfite處理和生物信息數(shù)據(jù)分析技術(shù),進(jìn)行低成本、高效率、高準(zhǔn)確度的全基因組DNA甲基化水平圖譜繪制。表觀遺傳屬于一種可以對環(huán)境產(chǎn)生應(yīng)答和改變的遺傳機(jī)制。成都全基因組甲基化重測序機(jī)構(gòu)

重亞硫酸鹽擴(kuò)增子測序法基于非甲基化胞嘧啶(C)向尿嘧啶(U)的化學(xué)轉(zhuǎn)化,即用重亞硫酸鹽處理基因組DNA。杭州目標(biāo)甲基化重測序分析

DNA甲基化是指針對DNA序列上的CpG島,由甲基化轉(zhuǎn)移酶將S腺苷甲硫氨酸的甲基轉(zhuǎn)移給胞嘧啶。其中,5’甲基胞嘧啶(5mC) 的甲基化是一個非常重要的表觀遺傳學(xué)修飾事件,該事件能夠調(diào)控基因活性,并影響著如細(xì)胞分化、轉(zhuǎn)錄調(diào)控和染色質(zhì)重塑等生物學(xué)過程。重亞硫酸鹽測序可以從單個堿基水平分析基因組中甲基化的胞嘧啶。首先,利用重?zé)熈蛩猁}對基因組DNA進(jìn)行處理,將未發(fā)生甲基化的胞嘧啶脫氨基變成尿嘧啶。而發(fā)生了甲基化的胞嘧啶未發(fā)生脫氨基,因而,可以基于此將經(jīng)重亞硫酸鹽處理的和未處理的測序樣本進(jìn)行比較來發(fā)現(xiàn)甲基化的位點。杭州目標(biāo)甲基化重測序分析

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