上海翼和生物甲基化測序采用的是重亞硫酸鹽擴增子測序法(Bisulfite Amplicon Sequencing, BSAS),重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化是研究DNA甲基化的金標(biāo)方法,該技術(shù)基于非甲基化胞嘧啶(C)向尿嘧啶(U)的化學(xué)轉(zhuǎn)化,即用重亞硫酸鹽處理基因組DNA,非甲基化胞嘧啶被轉(zhuǎn)化為尿嘧啶,而甲基化胞嘧啶不發(fā)生這種轉(zhuǎn)化,從而能夠在單核苷酸水平上確定DNA甲基化(圖1)。轉(zhuǎn)化后的序列可以進行多種分析,包括重亞硫酸鹽測序、焦磷酸測序、甲基化特異性PCR、高分辨率熔解曲線分析、基于微陣列的方法和下一代測序。Hi-Methylseq方案一次測序反應(yīng)每個位點測序上百次節(jié)約時間、成本、定量準(zhǔn)確。南京多重PCR技術(shù)甲基化重測序送樣要求
DNA甲基化是一種重要的表觀遺傳學(xué)標(biāo)記,在調(diào)控基因表達、細胞的分化與發(fā)育等過程中發(fā)揮著關(guān)鍵作用。使用基于重亞硫酸氫鹽測序的方法進行DNA甲基化評估:首先用亞硫酸氫鹽處理基因組DNA可將未甲基化胞嘧啶轉(zhuǎn)化為尿嘧啶(黃色字母),而甲基化胞嘧啶保留為胞嘧啶(白色字母);然后進行兩輪PCR:first輪PCR分別放大每個樣本的每個區(qū)域,并添加8個隨機核苷酸(N8)用于重復(fù)數(shù)據(jù)消除和適配體序列;在匯集每個生物樣本的擴增子后,第二輪PCR完成帶有樣本barcode的序列庫,用于多樣本NGS測序。天津目標(biāo)位點甲基化重測序準(zhǔn)確度高上海翼和生物通過亞硫酸氫鹽(bisulfite)處理,用多重PCR擴增目的片段,添加barcode和測序通用接頭。
Hi-Methylseq結(jié)合了亞硫酸鹽轉(zhuǎn)換、靶向擴增子高通量測序技術(shù),可實現(xiàn)多區(qū)段、多位點的甲基化精確定量分析,適用于感興趣的目的片段的甲基化研究和在大樣本中進一步確認(rèn)全基因組甲基化研究挑選的陽性位點。采用翼和自主知識產(chǎn)權(quán)的多重PCR捕獲技術(shù),確保目的片段有效富集,經(jīng)亞硫酸氫鹽處理后,DNA序列復(fù)雜度嚴(yán)重降低,嚴(yán)格控制建庫PCR的循環(huán)數(shù),降低非特異性擴增,通過將參考序列中的C堿基全部替換為T堿基,然后將測序reads比對到轉(zhuǎn)換后的參考序列上,針對每一個CpG位點,統(tǒng)計C和T堿基的讀數(shù)(類似于SNP calling),來判斷該位點的甲基化。
DNA甲基化是指在甲基轉(zhuǎn)移酶的催化下,DNA的CG二核苷酸中的胞嘧啶被選擇性的添加甲基,形成5-甲基胞嘧啶,常見于基因的5′—CG—3′序列。DNA甲基化的位置主要集中在基因5′端的非編碼區(qū),DNA高度甲基化首先會影響DNA結(jié)構(gòu),進而阻遏基因轉(zhuǎn)錄,引起基因沉默。DNA甲基化為非編碼區(qū)(如內(nèi)含子等)的長期沉默提供了一種有效的抑制機制。基因啟動區(qū)域內(nèi)CpG位點的甲基化通過三種方式影響基因轉(zhuǎn)錄活性:DNA序列甲基化直接阻礙轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合;甲基CpG結(jié)合蛋白結(jié)合到甲基化CpG位點與其他轉(zhuǎn)錄抑制因子相互作用;染色質(zhì)結(jié)構(gòu)的凝集阻礙了轉(zhuǎn)錄因子與其調(diào)控序列的結(jié)合。DNA甲基化是一種表觀遺傳修飾,是由DNA甲基轉(zhuǎn)移酶催化S-腺苷甲硫氨酸(S-adenosylmethionine)作為甲基供體.
上海翼和生物通過亞硫酸氫鹽(bisulfite)處理,用多重PCR擴增目的片段,添加barcode和測序通用接頭,在Illumina X10二代測序平臺對PCR產(chǎn)物進行高通量測序,利用生物信息學(xué)方法,精確定量計算目標(biāo)區(qū)間內(nèi)的甲基化位點的甲基化狀態(tài),在完成目標(biāo)區(qū)域檢測的同時大幅降低研究費用。Hi-MethylSeq結(jié)合了亞硫酸鹽轉(zhuǎn)換、靶向擴增子高通量測序技術(shù),可實現(xiàn)多區(qū)段、多位點的甲基化精確定量分析。本方法適用于感興趣的目的片段的甲基化研究,在大樣本中進一步確認(rèn)全基因組甲基化研究挑選的陽性位點。重亞硫酸鹽處理是甲基化分析中基因組DNA處理的金標(biāo)準(zhǔn),是一個化學(xué)過程,可造成DNA的損傷,很難同時實現(xiàn)100%的轉(zhuǎn)換效率和保持DNA的完整性,二者需要做出一定的平衡。Hi-MethylSeq在CpG島之外選取3段內(nèi)參序列中的C作為內(nèi)對照,準(zhǔn)確評估樣本的轉(zhuǎn)化率。重亞硫酸氫鈉測序法(Bisulfite sequencing,BS-Seq)被認(rèn)為是5mC鑒定的金標(biāo)準(zhǔn)。浙江全基因組甲基化重測序報告
在基因組的某些區(qū)域中,通常位于基因的啟動子區(qū),CpG 序列密度很高,可以達均值的5 倍以上。南京多重PCR技術(shù)甲基化重測序送樣要求
DNA甲基化是指在DNA甲基轉(zhuǎn)移酶的作用下,使胞嘧啶的5位碳原子發(fā)生甲基化的生物化學(xué)過程。DNA胞嘧啶甲基化是一種穩(wěn)定的表觀遺傳學(xué)標(biāo)記,在調(diào)控特定基因表達、轉(zhuǎn)座子沉默、基因印記、X染色體失活以及基因組穩(wěn)定性等多種生物學(xué)過程中發(fā)揮著重要作用。在動物中,DNA甲基化主要發(fā)生在CpG二核苷酸的背景下,約為70-80%的DNA甲基化。然而,剩余未發(fā)生甲基化的CpG位點則主要密集分布于基因的啟動子區(qū)域和the first exon region,被稱為CpG島(CpG island),在基因表達的調(diào)控和基因突變上都可能發(fā)揮著重要作用。南京多重PCR技術(shù)甲基化重測序送樣要求
上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司坐落在龍騰路1015弄中星創(chuàng)意園2號502,是一家專業(yè)的第三方檢測服務(wù);生物專業(yè)領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開發(fā)、技術(shù)咨詢、技術(shù)服務(wù);健康衰老評估;大健康檢測;遺傳學(xué)技術(shù)服務(wù);生物醫(yī)藥行業(yè)質(zhì)控檢測技術(shù)技術(shù)服務(wù);小鼠遺傳品系鑒定;轉(zhuǎn)基因小鼠基因型鑒定;細胞點突變檢測;細胞端粒長度和端粒酶活性檢測。公司。目前我公司在職員工以90后為主,是一個有活力有能力有創(chuàng)新精神的團隊。公司以誠信為本,業(yè)務(wù)領(lǐng)域涵蓋細胞組織小鼠質(zhì)控,大健康檢測,生物技術(shù)服務(wù),我們本著對客戶負責(zé),對員工負責(zé),更是對公司發(fā)展負責(zé)的態(tài)度,爭取做到讓每位客戶滿意。公司憑著雄厚的技術(shù)力量、飽滿的工作態(tài)度、扎實的工作作風(fēng)、良好的職業(yè)道德,樹立了良好的細胞組織小鼠質(zhì)控,大健康檢測,生物技術(shù)服務(wù)形象,贏得了社會各界的信任和認(rèn)可。