上海高同源區(qū)段分型送樣要求

來源: 發(fā)布時(shí)間:2021-10-29

RFLP法的優(yōu)點(diǎn)是分型技術(shù)簡單,結(jié)果判斷容易,不需要昂貴的設(shè)備,成本低,并且實(shí)驗(yàn)人員培訓(xùn)簡單。但是通過SNP能夠?qū)е翿FLP的概率低,很多SNP位點(diǎn)不能采用這種方法進(jìn)行檢測,而且有的限制性酶價(jià)格昂貴并且不容易買到。通常酶切的條件較高,容易出現(xiàn)假陽性結(jié)果,且工作量大,耗時(shí)長,通量低。這是早期的一種SNP分型技術(shù),在通量和效率上難以滿足批量分型需求,因此這種技術(shù)目前只在個(gè)別實(shí)驗(yàn)室中還在使用中。上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司SNP所表現(xiàn)的多態(tài)性只涉及到單個(gè)堿基的變異,這種變異可由單個(gè)堿基的轉(zhuǎn)換或顛換所引起。上海高同源區(qū)段分型送樣要求

SNP基因分型技術(shù)原理是PCR擴(kuò)增含有SNP的基因組片段,主要特點(diǎn)是準(zhǔn)確性高、靈活性強(qiáng)、通量大,主要方法是TaqMan探針法。首先通過PCR擴(kuò)增含有SNP的基因組片段,然后通過序列特異性引物實(shí)現(xiàn)單堿基延伸,隨后樣品分析物與芯片基質(zhì)共結(jié)晶后在真空管中受瞬時(shí)納秒 (10-9s) 強(qiáng)激光激發(fā)。核酸分子因此解吸附成為單電荷離子,由于電場中離子飛行時(shí)間與離子質(zhì)量成反比,通過檢測核酸分子在真空管中的飛行時(shí)間而獲得樣品分析物的精確分子量,從而檢測出SNP位點(diǎn)信息。南京分型技術(shù)服務(wù)在進(jìn)行基因組研究中經(jīng)常會(huì)遇到各類高同源區(qū)段,比如人基因組中P450基因家族,HLA基因座位。

主要是指同源蛋白質(zhì)的氨基酸序列或者堿基序列相似的程度。主要包括氨基酸序列和堿基序列。把幾個(gè)相似的或相關(guān)的氨基酸或堿基的序列放到NCBI或者clustalw軟件中進(jìn)行對比,比對出其相似的程度。相似度越高,說明序列的同源性越高。上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司是上海市遺傳學(xué)會(huì)理事單位,至今已有十六年歷史,專注于為國內(nèi)科研工作者和生物醫(yī)藥企業(yè)提供各類分子遺傳學(xué)技術(shù)服務(wù)和質(zhì)控試劑盒?;谧灾髦R產(chǎn)權(quán)的多重PCR技術(shù),翼和生物研發(fā)和改良了適用于熒光定量PCR、一代測序和二代高通量測序平臺的多種檢測技術(shù)和產(chǎn)品,逐步形成了在細(xì)胞組織和動(dòng)物模型質(zhì)控、大健康檢測和科學(xué)研究3大板塊產(chǎn)品布局。

TaqMan熒光探針是一種寡核苷酸探針,熒光基團(tuán)連接在探針的5’末端,而淬滅劑則在3’末端。在PCR反應(yīng)體系中加入2種不同熒光標(biāo)記的探針,它們可以分別與2個(gè)等位基因完全配對。正常情況下,由于探針5’端熒光基團(tuán)和3’端淬滅基團(tuán)緊鄰在一起,熒光被淬滅。隨著PCR有效的進(jìn)行,與模板完全配對的探針逐步被TaqDNA聚合酶5’——3’外切酶活性切割,致使探針5’端熒光基團(tuán)和3’端淬滅基團(tuán)分離,淬滅效應(yīng)解除,報(bào)告熒光基團(tuán)被***,檢測到熒光信號,相反,如果模板不能完全配對的探針(**另一種等位基因)不能被有效切割,因此檢測不到熒光信號,從而實(shí)現(xiàn)SNP位點(diǎn)的分型檢測。普通的二代測序SNP分型,利用生信分析手段剔除HSVs、PSVs,難度比較高。

連接酶檢測反應(yīng)(LigaseDetectionReaction,LDR)是利用高溫連接酶實(shí)現(xiàn)對基因多態(tài)性位點(diǎn)的識別,高溫連接酶一旦檢測到DNA與互補(bǔ)的兩條寡聚核苷酸接頭對應(yīng)處存在著基因點(diǎn)突變類型的堿基錯(cuò)配,連接反應(yīng)就不能進(jìn)行。該方法,對SNP位點(diǎn)同時(shí)設(shè)計(jì)兩條有長度差異的探針,當(dāng)探針末端與模板有一個(gè)堿基不配對,所以連接反應(yīng)不能進(jìn)行,沒有連接產(chǎn)物;相反,若探針與模板DNA完全互補(bǔ),故進(jìn)行連接反應(yīng),通過溫控循環(huán),該特異性連接反應(yīng)可反復(fù)進(jìn)行,達(dá)到線性擴(kuò)增的效果。,后通過熒光掃描片段長度,實(shí)現(xiàn)對SNP位點(diǎn)的檢測。多重長片段巢式PCR技術(shù),對幾個(gè)幾十個(gè)高同源SNP位點(diǎn)、大量樣本的分型項(xiàng)目都適用。上海高同源區(qū)段分型送樣要求

多重PCR是將多個(gè)目標(biāo)區(qū)段/目標(biāo)SNP位點(diǎn)的在1個(gè)PCR管中同時(shí)擴(kuò)增,獲得多個(gè)目標(biāo)片段的技術(shù)。上海高同源區(qū)段分型送樣要求

序列的相似性和序列的同源性有一定的關(guān)系,一般來說序列間的相似性越高的話,它們是同源序列的可能性就越高,所以經(jīng)??梢酝ㄟ^序列的相似性來推測序列是否同源。正因?yàn)榇嬖谶@樣的關(guān)系,很多時(shí)候?qū)π蛄械南嗨菩院屯葱跃蜎]有做很明顯的區(qū)分,造成經(jīng)常等價(jià)混用兩個(gè)名詞。所以有出現(xiàn)A序列和B序列的同源性為80%一說。上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司是上海市遺傳學(xué)會(huì)理事單位,上海市****,至今已有十六年歷史,專注于為國內(nèi)科研工作者和生物醫(yī)藥企業(yè)提供各類分子遺傳學(xué)技術(shù)服務(wù)和質(zhì)控試劑盒。上海高同源區(qū)段分型送樣要求

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