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如何根據(jù)STR數(shù)據(jù)判斷細(xì)胞系的身份?收到細(xì)胞系鑒定結(jié)果以及STR信息,可以與參考數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)。如果細(xì)胞樣本的每個(gè)STR位點(diǎn)和參考細(xì)胞STR位點(diǎn)都能重合匹配,即說(shuō)明該細(xì)胞系正確,反之則說(shuō)明你的細(xì)胞系可能被錯(cuò)誤標(biāo)記,交叉污染或發(fā)生遺傳不穩(wěn)定。一般說(shuō)來(lái),匹配度≥80%即可認(rèn)為該細(xì)胞系正確,匹配度<80%則說(shuō)明該細(xì)胞系的來(lái)源需要被懷疑。如果細(xì)胞系被鑒定出發(fā)生交叉污染或錯(cuò)誤標(biāo)記,則需要拿更早代數(shù)的細(xì)胞進(jìn)行鑒定,從而找到問(wèn)題的起源或者直接從可靠的機(jī)構(gòu)購(gòu)買(mǎi)一株新的細(xì)胞系。中國(guó)科學(xué)院昆明細(xì)胞庫(kù)檢查出錯(cuò)誤鑒定和交叉污染的細(xì)胞結(jié)果。南京小鼠細(xì)胞STR鑒定機(jī)構(gòu)
如何知道細(xì)胞系是否發(fā)生交叉污染了?如果存在細(xì)胞系之間發(fā)生交叉污染,而且鑒定用的細(xì)胞可能有兩種以上的細(xì)胞系時(shí),那么在進(jìn)行STR位點(diǎn)檢測(cè)的時(shí)候,多個(gè)位點(diǎn)會(huì)出現(xiàn)兩個(gè)以上的峰。峰高值表示該等位基因的信號(hào)強(qiáng)度,理論上峰值與樣本的DNA濃度有直接的關(guān)系。因此,存在交叉污染的混合細(xì)胞系中,其中一個(gè)位點(diǎn)中某些峰會(huì)明顯高于其他的峰,其中大峰是屬于混合細(xì)胞系中那個(gè)主要細(xì)胞系,而小峰則屬于那個(gè)次要細(xì)胞系。STR鑒定目前已被ICLAC、ATCC等機(jī)構(gòu)作為金標(biāo)準(zhǔn)應(yīng)用于細(xì)胞鑒定,越來(lái)越多的雜志要求在投稿時(shí)提供細(xì)胞STR分型數(shù)據(jù)。鄭州鑒定數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)如何進(jìn)行細(xì)胞系鑒定?
國(guó)內(nèi)實(shí)驗(yàn)動(dòng)物遺傳質(zhì)量檢測(cè)現(xiàn)狀?反觀國(guó)內(nèi),遺傳質(zhì)量檢測(cè)的研究多處于較低水平,其中以STR為遺傳標(biāo)記有10多篇、以RAPD標(biāo)記或DNA指紋圖譜有9篇,固相雜交的有2篇,以SNP標(biāo)記只有2篇,表明我國(guó)各小鼠飼養(yǎng)單位對(duì)于DNA遺傳質(zhì)量檢測(cè)方法的掌握較為薄弱,無(wú)論在技術(shù)上還是人才儲(chǔ)備上均落后于世界其他國(guó)家。因此,在國(guó)內(nèi)要推廣使用實(shí)驗(yàn)小鼠DNA遺傳質(zhì)量檢測(cè),一套行之有效的SNP遺傳監(jiān)測(cè)標(biāo)準(zhǔn)亟待建立與規(guī)范。第1,國(guó)內(nèi)實(shí)驗(yàn)動(dòng)物公司的近交系與Jackson Lab數(shù)據(jù)不符。無(wú)論是從翼和公司檢測(cè)結(jié)果,還是合作對(duì)方發(fā)表論文顯示,國(guó)內(nèi)實(shí)驗(yàn)動(dòng)物存在與Jackson Lab標(biāo)準(zhǔn)近交系小鼠基因型不符合的現(xiàn)象。
上海翼和公司利用熒光PCR擴(kuò)增小鼠基因組中9個(gè)STR基因位點(diǎn),PCR產(chǎn)物在毛細(xì)管電泳分離之后可通過(guò)熒光檢測(cè)進(jìn)行基因分型。根據(jù)所得的STR分型結(jié)果與細(xì)胞STR數(shù)據(jù)庫(kù)(EXPASY)比對(duì),從而鑒定樣品所屬的小鼠細(xì)胞系。2017年4月,翼和客戶(hù)山東泰山醫(yī)學(xué)院免疫所發(fā)表了EBioMedicine上的一篇論文,該文中編輯要求對(duì)突變小鼠的遺傳背景進(jìn)行鑒定,翼和公司應(yīng)用基于多重PCR與二代測(cè)序的近交系小鼠檢測(cè)方案2.0版本方案,成功的對(duì)基因編輯小鼠進(jìn)行了測(cè)試,并對(duì)小鼠遺傳背景進(jìn)行了STR鑒定,雜志編輯成功接受。翼和生物細(xì)胞鑒定技術(shù)又助力一篇高的分?jǐn)?shù)論文。
《Stem Cell Research》(干細(xì)胞研究)-Lab resource實(shí)驗(yàn)套路清晰,規(guī)定動(dòng)作少,沒(méi)有其他論文繁復(fù)的review,從投稿到發(fā)表通常只需1個(gè)月,1個(gè)月,1個(gè)月。因此,建干細(xì)胞系并做規(guī)定項(xiàng)目的鑒定,顯然是快速發(fā)表論文的一種方式,是廣大醫(yī)生朋友喜聞樂(lè)見(jiàn)的。他們具有豐富的臨床資源,獲得相應(yīng)資源后,在干細(xì)胞建系技術(shù)逐漸成熟的現(xiàn)在,可方便快速的建立細(xì)胞系供后續(xù)研究。干細(xì)胞是一類(lèi)具有無(wú)限的或者永生的自我更新能力的細(xì)胞、能夠產(chǎn)生至少一種類(lèi)型的、高度分化的子代細(xì)胞。本文購(gòu)自ATCC等機(jī)構(gòu)的細(xì)胞(如SW480,HCT116, FET細(xì)胞系等),均全部由上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司鑒定。鄭州細(xì)胞STR鑒定送樣要求
一般說(shuō)來(lái),匹配度≥80%即可認(rèn)為該細(xì)胞系正確,匹配度<80%則說(shuō)明該細(xì)胞系的來(lái)源需要被懷疑。南京小鼠細(xì)胞STR鑒定機(jī)構(gòu)
STR(Short Tandem Repeat,短串聯(lián)重復(fù)序列)基因位點(diǎn)由長(zhǎng)度為3~7個(gè)堿基對(duì)的短串連重復(fù)序列組成,這些重復(fù)序列普遍存在于人類(lèi)基因組中,可作為高度多態(tài)性標(biāo)記,被稱(chēng)為細(xì)胞的DNA指紋。STR已被普遍應(yīng)用于親子鑒定、個(gè)體識(shí)別、司法鑒定、交通事故鑒定、(造血干細(xì)胞)移植醫(yī)治后嵌合情況監(jiān)測(cè)等領(lǐng)域。STR基因座位上的等位基因可通過(guò)PCR(聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng))擴(kuò)增區(qū)域內(nèi)重復(fù)序列的拷貝數(shù)的不同來(lái)區(qū)分,在毛細(xì)管電泳分離之后可通過(guò)熒光檢測(cè)來(lái)識(shí)別,隨后通過(guò)一定的計(jì)算方法,即可根據(jù)所得的STR分型結(jié)果與專(zhuān)業(yè)的細(xì)胞STR數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)從而推算出樣品所屬的細(xì)胞系或可能的交叉污染的細(xì)胞系名稱(chēng)。南京小鼠細(xì)胞STR鑒定機(jī)構(gòu)
上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司坐落在龍騰路1015弄中星創(chuàng)意園2號(hào)502,是一家專(zhuān)業(yè)的第三方檢測(cè)服務(wù);生物專(zhuān)業(yè)領(lǐng)域內(nèi)的技術(shù)開(kāi)發(fā)、技術(shù)咨詢(xún)、技術(shù)服務(wù);健康衰老評(píng)估;大健康檢測(cè);遺傳學(xué)技術(shù)服務(wù);生物醫(yī)藥行業(yè)質(zhì)控檢測(cè)技術(shù)技術(shù)服務(wù);小鼠遺傳品系鑒定;轉(zhuǎn)基因小鼠基因型鑒定;細(xì)胞點(diǎn)突變檢測(cè);細(xì)胞端粒長(zhǎng)度和端粒酶活性檢測(cè)。公司。公司目前擁有較多的高技術(shù)人才,以不斷增強(qiáng)企業(yè)重點(diǎn)競(jìng)爭(zhēng)力,加快企業(yè)技術(shù)創(chuàng)新,實(shí)現(xiàn)穩(wěn)健生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)。公司業(yè)務(wù)范圍主要包括:細(xì)胞組織小鼠質(zhì)控,大健康檢測(cè),生物技術(shù)服務(wù)等。公司奉行顧客至上、質(zhì)量為本的經(jīng)營(yíng)宗旨,深受客戶(hù)好評(píng)。公司深耕細(xì)胞組織小鼠質(zhì)控,大健康檢測(cè),生物技術(shù)服務(wù),正積蓄著更大的能量,向更廣闊的空間、更寬泛的領(lǐng)域拓展。