南京目標區(qū)間甲基化重測序哪里做

來源: 發(fā)布時間:2021-10-24

WGBS(Whole Genome Bisulfite Sequence)全基因組甲基化測序,利用重亞硫酸氫鹽使DNA中未發(fā)生甲基化的胞嘧啶(C)脫氨基轉(zhuǎn)變成尿嘧啶(U),而甲基化的胞嘧啶保持不變,然后通過PCR將U變?yōu)锳,*有甲基化的C可以成功保留,***通過測序就可判斷CpG位點是否發(fā)生甲基化。特點是精確度高、重復性好,檢測范圍廣,可以覆蓋全基因組范圍內(nèi)的每一個C堿基的甲基化狀態(tài);但需要的數(shù)據(jù)量比較大,成本較高。上海翼和生物是上海市遺傳學會理事單位,上海市高新技術(shù)企業(yè),至今已有16年的歷史。DNA甲基化是指針對DNA序列上的CpG島,由甲基化轉(zhuǎn)移酶將S腺苷甲硫氨酸的甲基轉(zhuǎn)移給胞嘧啶。南京目標區(qū)間甲基化重測序哪里做

上海翼和生物通過亞硫酸氫鹽(bisulfite)處理,用多重PCR擴增目的片段,添加barcode和測序通用接頭,在Illumina X10二代測序平臺對PCR產(chǎn)物進行高通量測序,利用生物信息學方法,精確定量計算目標區(qū)間內(nèi)的甲基化位點的甲基化狀態(tài),在完成目標區(qū)域檢測的同時大幅降低研究費用。Hi-MethylSeq結(jié)合了亞硫酸鹽轉(zhuǎn)換、靶向擴增子高通量測序技術(shù),可實現(xiàn)多區(qū)段、多位點的甲基化精確定量分析。本方法適用于感興趣的目的片段的甲基化研究,在大樣本中進一步確認全基因組甲基化研究挑選的陽性位點。重亞硫酸鹽處理是甲基化分析中基因組DNA處理的金標準,是一個化學過程,可造成DNA的損傷,很難同時實現(xiàn)100%的轉(zhuǎn)換效率和保持DNA的完整性,二者需要做出一定的平衡。Hi-MethylSeq在CpG島之外選取3段內(nèi)參序列中的C作為內(nèi)對照,準確評估樣本的轉(zhuǎn)化率。上海CPG島甲基化重測序DNA甲基化可引起基因組中相應區(qū)域染色質(zhì)結(jié)構(gòu)變化,使DNA失去核酶限制性內(nèi)切酶的切割位點,。

DNA甲基化是一種表觀遺傳修飾,它是由DNA甲基轉(zhuǎn)移酶(DNA methyl-transferase, DNMT)催化S-腺苷甲硫氨酸(S-adenosylmethionine, SAM)作為甲基供體,將胞嘧啶轉(zhuǎn)變?yōu)?-甲基胞嘧啶(mC)的一種反應,在真核生物DNA中,5-甲基胞嘧啶是存在的化學性修飾堿基。CG二核苷酸是**主要的甲基化位點,它在基因組中呈不均勻分布,存在高甲基化、低甲基化和非甲基化的區(qū)域,在哺乳動物中mC約占C總量的2-7%。甲基化檢測服務-亞硫酸氫鈉處理后測序法 (bisulfite genomic sequencing PCR, BSP)是利用未甲基化的胞嘧啶可以被亞硫酸氫鈉發(fā)生脫氨基變?yōu)槟蜞奏さ脑?,用兩一特異性引物擴增后測序。測序法克服了只能針對單個位點檢測,并且這些位點必須是限制性內(nèi)切酶識別位點的缺點,可以對任何基因序列的甲基化狀態(tài)進行檢測。

DNA甲基化是表觀遺傳調(diào)控的常見機制。啟動子區(qū)域的高度甲基化可導致基因表達改變。甲基化多發(fā)生于胞嘧啶(cytosine, C)位置。在細胞和組織分化、疾病發(fā)生以及適應環(huán)境等過程中,甲基化狀態(tài)可發(fā)生改變。高精確度全基因組甲基化修飾狀態(tài)的分析,將為發(fā)育、育種、tumour標志物鑒定或藥物靶標尋找等研究奠定基礎(chǔ)。全基因組甲基化測序結(jié)合了亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化(bisulfite conversion)方法與新一代高通量測序技術(shù),可在單堿基分辨率水平上高效地檢測全基因組DNA甲基化狀態(tài)。亞硫酸氫鹽處理可以使DNA中未發(fā)生甲基化的胞嘧啶脫氨基轉(zhuǎn)變成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶保持不變,PCR擴增所需片段,則尿嘧啶全部轉(zhuǎn)化成胸腺嘧啶。對PCR產(chǎn)物進行高通量測序,與參考序列比對,即可判斷CpG/CHG/CHH位點是否發(fā)生甲基化。目標區(qū)域甲基化重測序(Hi-Methylseq)結(jié)合了亞硫酸鹽轉(zhuǎn)換、靶向擴增子高通量測序技術(shù)。

全基因組甲基化測序結(jié)合了亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化(bisulfiteconversion)方法與新一代高通量測序技術(shù),可在單堿基分辨率水平上高效地檢測全基因組DNA甲基化狀態(tài)。亞硫酸氫鹽處理可以使DNA中未發(fā)生甲基化的胞嘧啶脫氨基轉(zhuǎn)變成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶保持不變,PCR擴增所需片段,則尿嘧啶全部轉(zhuǎn)化成胸腺嘧啶。對PCR產(chǎn)物進行高通量測序,與參考序列比對,即可判斷CpG/CHG/CHH位點是否發(fā)生甲基化。上海翼和生物是上海市遺傳學會理事單位,上海市高新技術(shù)企業(yè),至今已有16年的歷史。翼和生物目標區(qū)域甲基化項目結(jié)合亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化和多重PCR擴增建庫測序技術(shù),對目標區(qū)域甲基化位點進行分析。北京目標區(qū)域甲基化重測序技術(shù)服務

全基因組甲基化測序:利用Bisulfite(亞硫酸鹽)對基因組進行處理后上機測序。南京目標區(qū)間甲基化重測序哪里做

DNA甲基化是表觀遺傳學領(lǐng)域研究的重點之一。DNA甲基化是指在DNA甲基轉(zhuǎn)移酶(DNA methyltransferase, 縮寫DNMT)的作用下,基因組DNA序列上CpG島的二核苷酸5′端胞嘧啶轉(zhuǎn)變?yōu)?′甲基胞嘧啶(5′ methylcytosine, 縮寫5mC)。這種DNA修飾的方式并未改變基因的序列, 但能改變某些基因的表達,從而影響生物學功能。DNA 甲基化參與眾多的細胞生命活動,包括細胞分化、組織特異性基因表達、基因組印記、X 染色體失活等。異常的 DNA 甲基化會導致發(fā)育異常、tumour等疾病的發(fā)生。南京目標區(qū)間甲基化重測序哪里做

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