上海目標(biāo)區(qū)間甲基化重測(cè)序報(bào)告

DNA甲基化是指在DNA甲基轉(zhuǎn)移酶的作用下，使胞嘧啶的5位碳原子發(fā)生甲基化的生物化學(xué)過程。DNA胞嘧啶甲基化是一種穩(wěn)定的表觀遺傳學(xué)標(biāo)記，在調(diào)控特定基因表達(dá)、轉(zhuǎn)座子沉默、基因印記、X染色體失活以及基因組穩(wěn)定性等多種生物學(xué)過程中發(fā)揮著重要作用。在動(dòng)物中，DNA甲基化主要發(fā)生在CpG二核苷酸的背景下，約為70-80%的DNA甲基化。然而，剩余未發(fā)生甲基化的CpG位點(diǎn)則主要密集分布于基因的啟動(dòng)子區(qū)域和the first exon region，被稱為CpG島(CpG island)，在基因表達(dá)的調(diào)控和基因突變上都可能發(fā)揮著重要作用。DNA甲基化在DNA復(fù)制起始、錯(cuò)配修復(fù)以及轉(zhuǎn)座子的失活等過程中對(duì)維持遺傳信息的穩(wěn)定性發(fā)揮著重要的作用。上海目標(biāo)區(qū)間甲基化重測(cè)序報(bào)告

DNA甲基化是表觀遺傳修飾的主要方式，能在不改變DNA序列的前提下，改變遺傳表現(xiàn)。為外遺傳編碼（epigenetic code）的一部分，是一種外遺傳機(jī)制。DNA甲基化過程會(huì)使甲基添加到DNA分子上，例如在胞嘧啶環(huán)的5'碳上：這種5'方向的DNA甲基化方式可見於所有脊椎動(dòng)物。在人類細(xì)胞內(nèi)，大約有1%的DNA堿基受到了甲基化。在成熟體細(xì)胞組織中，DNA甲基化一般發(fā)生於CpG雙核苷酸（CpG dinucleotide）部位；而非CpG甲基化則於胚胎干細(xì)胞中較為常見。植物體內(nèi)胞嘧啶的甲基化則可分為對(duì)稱的CpG（或CpNpG），或是不對(duì)稱的CpNpNp形式（C與G是堿基；p是磷酸根；N指的是任意的核苷酸）。特定胞嘧碇受甲基化的情形，可利用亞硫酸鹽定序（bisulfite sequencing）方式測(cè)定。DNA甲基化可能使基因沉默化，進(jìn)而使其失去功能。此外，也有一些生物體內(nèi)不存在DNA甲基化作用。甲基化重測(cè)序公司常規(guī)全基因組甲基化測(cè)序技術(shù)通過T4-DNA連接酶，在超聲波打斷基因組DNA段的兩端連接接頭序列。

5甲基胞嘧啶 (5-methylcytosine, 5mC) 是一種常見的DNA修飾類型，能調(diào)節(jié)基因表達(dá)、轉(zhuǎn)座子及染色體的狀態(tài)等。全基因組重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化的WGBS法，能夠?qū)崿F(xiàn)單堿基分辨率的甲基化位點(diǎn)準(zhǔn)確、高效定位。通過***分析不同處理方式下的全基因組甲基化水平，快速準(zhǔn)確鑒定出差異甲基化區(qū)域，有助于我們更加***深入地了解動(dòng)、植物的甲基化模式和表觀調(diào)控機(jī)制，在動(dòng)物行為、植物脅迫、植物性狀、胚胎發(fā)育、cancer疾病、生物標(biāo)記物等方面具有普遍的應(yīng)用。

物種的DNA甲基化率通常與物種基因組大小成正比。從細(xì)菌的數(shù)千個(gè)基因進(jìn)化到高等動(dòng)物的數(shù)萬個(gè)基因，基因數(shù)增長(zhǎng)的一個(gè)數(shù)量級(jí)。要管好這么多的基因，在漫長(zhǎng)的一生中有規(guī)律地關(guān)閉或打開基因表達(dá)，DNA甲基化這個(gè)開關(guān)對(duì)高等動(dòng)植物必不可少。轉(zhuǎn)座子是一類在基因組上可以自主復(fù)制（或剪切）和移動(dòng)的**功能元件。如果它們隨意移動(dòng)，對(duì)基因組的穩(wěn)定性具有破壞作用。DNA甲基化對(duì)轉(zhuǎn)座子的移動(dòng)具有抑制作用。通常，物種的基因組越大，其基因組中轉(zhuǎn)座子的比例越高，那么限制轉(zhuǎn)座子移動(dòng)的門神——DNA甲基化的比例就越高。在基因組的某些區(qū)域中，通常位于基因的啟動(dòng)子區(qū)，CpG 序列密度很高，可以達(dá)均值的5 倍以上。

DNA（主要是CpG的）甲基化是其遺傳機(jī)制和表型效應(yīng)**為明確的表觀遺傳性機(jī)制。DNA甲基化譜式的變化不僅指導(dǎo)在正常發(fā)育過程中細(xì)胞譜系特化所依據(jù)的基因組轉(zhuǎn)錄譜式的改變，且在疾病發(fā)生和發(fā)展的基因表達(dá)異化中起著決定性的作用。為了高效準(zhǔn)確的分析基因組中所有的甲基化位點(diǎn)，可采用全基因組甲基化（Whole Genome Bisulfite Sequence，WGBS）。亞硫酸氫鹽處理是一種分類5-甲基胞嘧啶和非甲基化堿基的有效方法之一，包括基于序列、熔化溫度和交互的分析，WGBS是通過重亞硫酸氫鹽使DNA中未發(fā)生甲基化的胞嘧啶（C）脫氨基轉(zhuǎn)變?yōu)槟蜞奏ぃ║），而甲基化的胞嘧啶保持不變，再經(jīng)PCR將U轉(zhuǎn)變?yōu)門，結(jié)合NGS便可高效準(zhǔn)確地分析基因組中所有甲基化位點(diǎn)。Hi-Methylseq方案一次測(cè)序反應(yīng)每個(gè)位點(diǎn)測(cè)序上百次節(jié)約時(shí)間、成本、定量準(zhǔn)確。杭州全基因組甲基化重測(cè)序技術(shù)服務(wù)

DNA甲基化幾乎只存在于CpG二核苷酸上，是一個(gè)關(guān)鍵的表觀遺傳標(biāo)記和基因表達(dá)調(diào)控因子。上海目標(biāo)區(qū)間甲基化重測(cè)序報(bào)告

DNA甲基化過程在一些生物學(xué)現(xiàn)象中起重要作用。例如，在原核生物中，它參與毒力、細(xì)胞周期調(diào)控、基因表達(dá)和對(duì)外源 DNA 導(dǎo)入的保護(hù)（DNA-宿主特異性）等過程。在高等真核生物中，DNA 甲基化參與調(diào)控染色體穩(wěn)定性、印記、X 染色體失活和cancer 變等多個(gè)細(xì)胞過程。在哺乳動(dòng)物中，DNA 甲基化主要發(fā)生在胞嘧啶堿基的第五個(gè)碳原子上，形成 5-甲基胞嘧啶或 5-甲基胞嘧啶核苷 (5-mC)。DNA甲基化幾乎只存在于CpG二核苷酸上，是一個(gè)關(guān)鍵的表觀遺傳標(biāo)記和基因表達(dá)調(diào)控因子?；騿?dòng)子或 CpG 島處的甲基化 CpG 簇與基因失活有關(guān)。DNA 甲基化由一個(gè)被稱為 DNA 甲基轉(zhuǎn)移酶并包括 DNMT1、DNMT3a 和 DNMT3b 的酶家族催化。DNMT3a 和 DNMT3b是從頭合成的甲基轉(zhuǎn)移酶，能夠甲基化之前未甲基化的 CpG二核苷酸。相反，DNMT1是一種維持性甲基轉(zhuǎn)移酶，在復(fù)制過程中修飾半甲基化的 DNA。上海目標(biāo)區(qū)間甲基化重測(cè)序報(bào)告

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