蘇州甲基化重測序準確度高

來源: 發(fā)布時間:2021-10-22

亞硫酸氫鈉修飾后測序法是一種對DNA進行亞硫酸氫鈉處理、聚合酶鏈反應擴增與DNA測序相結合的方法,能夠提供測定區(qū)域的序列信息,準確定位甲基化胞嘧啶位點;重亞硫酸鹽修飾后,甲基化胞嘧啶保持不變,但非甲基化胞嘧啶轉變?yōu)槟蜞奏?,PCR擴增后為胸腺嘧啶,其將甲基化狀態(tài)的差異轉化成堿基的差異,從而對胞嘧啶的甲基化狀態(tài)進行分析;但在亞硫酸鈉處理的酸性環(huán)境下,單鏈特異性PCR模板穩(wěn)定性下降,容易降解;并且模板鏈CG二核苷酸水平高易形成復雜的二級結構,常出現(xiàn)非特異性條帶,結合“巢式PCR法”能明顯提高擴增的特異度。DNA甲基化在DNA復制起始、錯配修復以及轉座子的失活等過程中對維持遺傳信息的穩(wěn)定性發(fā)揮著重要的作用。蘇州甲基化重測序準確度高

DNA甲基化是一種表觀遺傳修飾,它是由DNA甲基轉移酶(DNA methyl-transferase, DNMT)催化S-腺苷甲硫氨酸(S-adenosylmethionine, SAM)作為甲基供體,將胞嘧啶轉變?yōu)?-甲基胞嘧啶(mC)的一種反應,在真核生物DNA中,5-甲基胞嘧啶是存在的化學性修飾堿基。CG二核苷酸是**主要的甲基化位點,它在基因組中呈不均勻分布,存在高甲基化、低甲基化和非甲基化的區(qū)域,在哺乳動物中mC約占C總量的2-7%。甲基化檢測服務-亞硫酸氫鈉處理后測序法 (bisulfite genomic sequencing PCR, BSP)是利用未甲基化的胞嘧啶可以被亞硫酸氫鈉發(fā)生脫氨基變?yōu)槟蜞奏さ脑恚脙梢惶禺愋砸飻U增后測序。測序法克服了只能針對單個位點檢測,并且這些位點必須是限制性內切酶識別位點的缺點,可以對任何基因序列的甲基化狀態(tài)進行檢測。南京目標甲基化重測序準確度高全基因組甲基化測序:利用Bisulfite(亞硫酸鹽)對基因組進行處理后上機測序。

上海翼和生物通過亞硫酸氫鹽(bisulfite)處理,用多重PCR擴增目的片段,添加barcode和測序通用接頭,在Illumina X10二代測序平臺對PCR產物進行高通量測序,利用生物信息學方法,精確定量計算目標區(qū)間內的甲基化位點的甲基化狀態(tài),在完成目標區(qū)域檢測的同時大幅降低研究費用。Hi-MethylSeq結合了亞硫酸鹽轉換、靶向擴增子高通量測序技術,可實現(xiàn)多區(qū)段、多位點的甲基化精確定量分析。本方法適用于感興趣的目的片段的甲基化研究,在大樣本中進一步確認全基因組甲基化研究挑選的陽性位點。重亞硫酸鹽處理是甲基化分析中基因組DNA處理的金標準,是一個化學過程,可造成DNA的損傷,很難同時實現(xiàn)100%的轉換效率和保持DNA的完整性,二者需要做出一定的平衡。Hi-MethylSeq在CpG島之外選取3段內參序列中的C作為內對照,準確評估樣本的轉化率。

DNA甲基化主要發(fā)生在啟動子區(qū)CPG島,在調節(jié)基因表達和其他功能方面起著關鍵作用.異常的DNA甲基化可參與調控疾病相關的分子信號通路,從而影響其正常功能。DNA甲基化在生物個體的生長發(fā)育與繁殖過程中,維持遺傳物質的穩(wěn)定性是至關重要的。細胞采用多種機制來保證DNA復制的忠實性,如DNA的雙螺旋結構與半保留復制模式為遺傳物質的穩(wěn)定提供了物質基礎;DNA聚合酶Ⅲ除了具有DNA聚合酶活性外還具有5’到3’的核酸外切酶活性,可及時去除錯配摻人的堿基;DNA復制后存在多種修復機制進一步保證了遺傳物質的穩(wěn)定性。DNA甲基化在DNA復制起始、錯配修復、細菌中寄主控制的修飾與限制以及轉座子的失活等過程中對維持遺傳信息的穩(wěn)定性發(fā)揮著重要的作用。將序列與未經處理的序列進行比較,判斷CpG位點是否發(fā)生甲基化。

5甲基胞嘧啶 (5-methylcytosine, 5mC) 是一種常見的DNA修飾類型,能調節(jié)基因表達、轉座子及染色體的狀態(tài)等。全基因組重亞硫酸鹽轉化的WGBS法,能夠實現(xiàn)單堿基分辨率的甲基化位點準確、高效定位。通過***分析不同處理方式下的全基因組甲基化水平,快速準確鑒定出差異甲基化區(qū)域,有助于我們更加***深入地了解動、植物的甲基化模式和表觀調控機制,在動物行為、植物脅迫、植物性狀、胚胎發(fā)育、cancer疾病、生物標記物等方面具有普遍的應用。在基因組的某些區(qū)域中,通常位于基因的啟動子區(qū),CpG 序列密度很高,可以達均值的5 倍以上。河南CPG島甲基化重測序報告

WGBS(Whole Genome Bisulfite Sequence)全基因組甲基化測序.蘇州甲基化重測序準確度高

DNA甲基化屬于表觀遺傳的范疇。表觀遺傳屬于一種可以對環(huán)境產生應答和改變的遺傳機制。機體細胞在經歷脅迫、創(chuàng)傷等環(huán)境變化后,會產生特定的應答,并往往會用DNA甲基化、組蛋白修飾等形式將應激的模式記錄在DNA修飾中。這種脅迫記憶可以幫助細胞在面臨下一次應激的時候快速適應。同時,這種表觀修飾可以通過遺傳的方式傳遞給下一代細胞。對于高等動植物,通常壽命都比較漫長。在漫長的一生中,一方面機體會經歷大量的環(huán)境應答,另一方面細胞將會分裂多代。那么機體就更需要將應答的信息,存儲在DNA甲基化中傳遞給后代的細胞,以提高這個物種的環(huán)境適應能力。蘇州甲基化重測序準確度高

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