DNA甲基化是指針對DNA序列上的CpG島，由甲基化轉(zhuǎn)移酶將S腺苷甲硫氨酸的甲基轉(zhuǎn)移給胞嘧啶。其中，5’甲基胞嘧啶(5mC) 的甲基化是一個非常重要的表觀遺傳學(xué)修飾事件，該事件能夠調(diào)控基因活性，并影響著如細(xì)胞分化、轉(zhuǎn)錄調(diào)控和染色質(zhì)重塑等生物學(xué)過程。重亞硫酸鹽測序可以從單個堿基水平分析基因組中甲基化的胞嘧啶。首先，利用重?zé)熈蛩猁}對基因組DNA進(jìn)行處理，將未發(fā)生甲基化的胞嘧啶脫氨基變成尿嘧啶。而發(fā)生了甲基化的胞嘧啶未發(fā)生脫氨基，因而，可以基于此將經(jīng)重亞硫酸鹽處理的和未處理的測序樣本進(jìn)行比較來發(fā)現(xiàn)甲基化的位點。在基因組的某些區(qū)域中，通常位于基因的啟動子區(qū)，CpG 序列密度很高，可以達(dá)均值的5 倍以上。南京CPG島甲基化重測序報告
全基因組重亞硫酸鹽測序（whole genome bisulfite sequencing，WGBS）用于全基因組DNA甲基化檢測：表觀遺傳學(xué)研究已經(jīng)證實了特定基因區(qū)域的DNA甲基化修飾對于染色體構(gòu)象、基因表達(dá)調(diào)控機(jī)制有著重要影響，而全基因組DNA甲基化研究是表觀基因組學(xué)關(guān)注的重要內(nèi)容。Bisulfite處理能夠?qū)⒒蚪M中未發(fā)生甲基化的C堿基轉(zhuǎn)換成U，進(jìn)行PCR擴(kuò)增后變成T，與原本具有甲基化修飾的C堿基區(qū)分開來，再結(jié)合高通量測序技術(shù)，可繪制單堿基分辨率的全基因組DNA甲基化圖譜。安徽目標(biāo)位點甲基化重測序哪個公司做亞硫酸氫鹽處理可以使DNA中未發(fā)生甲基化的胞嘧啶脫氨基轉(zhuǎn)變成尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶保持不變。
DNA甲基化作為重要的表觀遺傳學(xué)調(diào)控機(jī)制在許多關(guān)鍵的生物學(xué)過程如發(fā)育及疾病的進(jìn)展中扮演著重要的作用，相對于基于PCR、芯片等傳統(tǒng)檢測手段，全基因組亞硫酸氫鹽測序(Whole Genome Bisulfite Sequencing, WGBS) 技術(shù)可通過將高效的亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化與高通量測序文庫構(gòu)建方法相結(jié)合 (Post-BS WGBS)，可在單堿基的分辨率下對來自更多樣本基因組中的甲基化位點進(jìn)行準(zhǔn)確的分析，既可以覆蓋所有甲基化位點，還能夠配合靶向技術(shù)檢測低頻甲基化信號，已成為目前在業(yè)界受到普遍關(guān)注的一種主流方法。
DNA甲基化即在DNA上增加甲基基團(tuán)，是使基因的轉(zhuǎn)錄抑制或沉默的主要方式。該修飾特異性地發(fā)生在CpG位點，胞嘧啶通過磷酸鹽與鳥苷酸連接(圖1)。甲基基團(tuán)的插入改變了DNA的表觀和結(jié)構(gòu)，可能會直接阻礙DNA的識別及與轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合，或者吸引其他因子優(yōu)先與DNA結(jié)合，干擾轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合。目前已鑒定了三個與甲基化DNA結(jié)合的蛋白家族，包括MBD蛋白、Kaiso和Kaiso樣蛋白、以及SRA蛋白。通過招募這些蛋白，DNA甲基化可促進(jìn)某些組蛋白狀態(tài)的維持，如去乙酰作用，從而保持轉(zhuǎn)錄后的組蛋白修飾。例如，MBD家族的甲基CpG結(jié)合蛋白2(MeCP2)與甲基CpG結(jié)合，招募HDACs，可促使染色體濃縮和轉(zhuǎn)錄抑制。表觀遺傳屬于一種可以對環(huán)境產(chǎn)生應(yīng)答和改變的遺傳機(jī)制。
真核生物基因表達(dá)受多種機(jī)制、多層面的綜合調(diào)控?；虻腄NA序列不發(fā)生改變的情況下，基因的表達(dá)水平與功能發(fā)生改變，并可遺傳現(xiàn)象，稱為表觀遺傳(epigenetic)現(xiàn)象。DNA甲基化是指在甲基轉(zhuǎn)移酶的催化下，DNA的CG二核苷酸中的胞嘧啶被選擇性的添加甲基，形成5-甲基胞嘧啶，常見于基因的5′—CG—3′序列。DNA甲基化的位置主要集中在基因5′端的非編碼區(qū)，DNA高度甲基化首先會影響DNA結(jié)構(gòu)，進(jìn)而阻遏基因轉(zhuǎn)錄，引起基因沉默。人體內(nèi)，DNA甲基轉(zhuǎn)移酶主要有四種：DNMT1、DNMT3A、DNMT3B和DNMT3L。在DNA復(fù)制完成后，DNMT1是催化甲基轉(zhuǎn)移至新合成的DNA鏈上，這一現(xiàn)象稱為維持甲基化；DNMT3A和DNMT3B負(fù)責(zé)催化核酸鏈上新的甲基化位點發(fā)生反應(yīng)，成為形成甲基化；DNMT3L不具有甲級轉(zhuǎn)移酶活性，其主要作用是調(diào)節(jié)其他甲基轉(zhuǎn)移酶的活性。真核細(xì)胞內(nèi)甲基化狀態(tài)有3種：持續(xù)的低甲基化狀態(tài)（如持家基因的甲基化）、誘導(dǎo)的去甲基化狀態(tài)（如一些發(fā)育階段特異性基因的修飾）和高度甲基化狀態(tài)（如人類女性細(xì)胞內(nèi)縊縮-失活的X染色體的甲基化）。亞硫酸氫鹽處理能夠?qū)⒒蚪M中未發(fā)生甲基化的C堿基轉(zhuǎn)換成U，進(jìn)行PCR擴(kuò)增后變成T。浙江目標(biāo)位點甲基化重測序機(jī)構(gòu)
WGBS（Whole Genome Bisulfite Sequence）全基因組甲基化測序.南京CPG島甲基化重測序報告
DNA甲基化是一種重要的表觀遺傳學(xué)標(biāo)記，在調(diào)控基因表達(dá)、細(xì)胞的分化與發(fā)育等過程中發(fā)揮著關(guān)鍵作用。使用基于重亞硫酸氫鹽測序的方法進(jìn)行DNA甲基化評估：首先用亞硫酸氫鹽處理基因組DNA可將未甲基化胞嘧啶轉(zhuǎn)化為尿嘧啶（黃色字母），而甲基化胞嘧啶保留為胞嘧啶（白色字母）；然后進(jìn)行兩輪PCR：first輪PCR分別放大每個樣本的每個區(qū)域，并添加8個隨機(jī)核苷酸（N8）用于重復(fù)數(shù)據(jù)消除和適配體序列；在匯集每個生物樣本的擴(kuò)增子后，第二輪PCR完成帶有樣本barcode的序列庫，用于多樣本NGS測序。南京CPG島甲基化重測序報告
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