廣州同源SNP分型怎么解決

來源: 發(fā)布時間:2022-02-19

相信大家都聽過或已經(jīng)接觸過一些常用的分型方法,如片段長度多態(tài)性(限制性內(nèi)切酶)法,直接測序法,Taqman熒光探針法,LDR連接酶檢測反應(yīng)法,競爭性等位基因特異性PCR法(KASP),二代測序法等,小E就針對以上幾種常用分型方法為大家做一個介紹和總結(jié)。上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限上海翼和**團隊富有開創(chuàng)精神,朝氣蓬勃,在肖君華博士的帶領(lǐng)下,秉承“專業(yè)、協(xié)作、進取”的企業(yè)精神,為科研用戶提供性價比高、高質(zhì)量可靠的遺傳學(xué)技術(shù)服務(wù)和產(chǎn)品。多重長片段巢式PCR技術(shù),對幾個幾十個高同源SNP位點、大量樣本的分型項目都適用。廣州同源SNP分型怎么解決

序列相似性比較:將待研究序列與DNA或蛋白質(zhì)序列庫進行比較,用于確定該序列的生物屬性,也就是找出與該序列相似的一致序列是什么。完成這一工作只需要使用兩兩序列比較算法。常用的程序包郵BLAST;FASTA等。上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司是上海市遺傳學(xué)會理事單位,上海市****,至今已有十六年歷史,專注于為國內(nèi)科研工作者和生物醫(yī)藥企業(yè)提供各類分子遺傳學(xué)技術(shù)服務(wù)和質(zhì)控試劑盒?;谧灾髦R產(chǎn)權(quán)的多重PCR技術(shù),翼和生物研發(fā)和改良了適用于熒光定量PCR、一代測序和二代高通量測序平臺的多種檢測技術(shù)和產(chǎn)品,逐步形成了在細(xì)胞組織和動物模型質(zhì)控、大健康檢測和科學(xué)研究3大板塊產(chǎn)品布局。山東高同源分型單核苷酸多態(tài)性(SNP),主要是指在基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態(tài)性。

隨著二代測序技術(shù)的普及,相比Sanger測序,以降低測序讀長的前提,**增加的測序通量同時大幅降低測序成本。利用二代測序進行SNP分型,不僅測序讀長滿足分型需求,可以同時對數(shù)十?dāng)?shù)百個位點,上千樣本進行分型。該方法相比直接測序法,除了保留測序法的優(yōu)點外,彌補了其通量不足的限制,二代測序分型法也正在快速在領(lǐng)域內(nèi)推廣。上海翼和生物提供高同源SNP分型服務(wù),無錫分公司(無錫翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司)地址:無錫市濱湖區(qū)梅梁西路138號七號樓一樓。

TaqMan熒光探針是一種寡核苷酸探針,熒光基團連接在探針的5’末端,而淬滅劑則在3’末端。在PCR反應(yīng)體系中加入2種不同熒光標(biāo)記的探針,它們可以分別與2個等位基因完全配對。正常情況下,由于探針5’端熒光基團和3’端淬滅基團緊鄰在一起,熒光被淬滅。隨著PCR有效的進行,與模板完全配對的探針逐步被TaqDNA聚合酶5’——3’外切酶活性切割,致使探針5’端熒光基團和3’端淬滅基團分離,淬滅效應(yīng)解除,報告熒光基團被***,檢測到熒光信號,相反,如果模板不能完全配對的探針(**另一種等位基因)不能被有效切割,因此檢測不到熒光信號,從而實現(xiàn)SNP位點的分型檢測。在進行基因組研究中經(jīng)常會遇到各類高同源區(qū)段,比如人基因組中P450基因家族,HLA基因座位。

隨著二代測序技術(shù)的普及,相比Sanger測序,二代測序雖然降低了測序讀長,但是**增加的測序通量同時大幅降低測序成本。利用二代測序進行SNP分型,不僅測序讀長滿足分型需求,并且可以同時對數(shù)十?dāng)?shù)百個位點,上千樣本進行分型。二代測序結(jié)果判斷準(zhǔn)確直觀,相比RFLP,Taqman,LDR等方法都通過間接結(jié)果來進行分型結(jié)果的判定,直接測序或二代測序法分型能都直接看到位點具體序列情況,SNP位點判斷更加直觀。上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司是上海市遺傳學(xué)會理事單位,是上海市****,至今已有十六年歷史。但是當(dāng)位點數(shù)和樣本量都比較大的時候,長片段PCR增加成本,工作量也非常龐大了。南京SNP基因分型送樣要求

傳統(tǒng)的SNP檢測方法是采用一些已有的成熟技術(shù),如DNA測序、等位基因特異的寡聚核苷酸雜交(ASO)等。廣州同源SNP分型怎么解決

上海翼和多倍體擴增子測序SNP分型,結(jié)合多重PCR技術(shù)和高通量測序技術(shù),對需要檢測的位點設(shè)計特異性引物,在單管內(nèi)進行多重PCR擴增,不同的樣本以不同的Barcode引物區(qū)分,對擴增子進行高通量測序。測序結(jié)果使用生物信息學(xué)方法,區(qū)分不同的樣本。并且將多倍體的不同基因組進行拆分后,對測序短序列進行精細(xì)reads mapping,剔除HSV和PSV干擾,**終獲得每個位點準(zhǔn)確的分型信息。上海翼和應(yīng)用生物技術(shù)有限公司是上海市遺傳學(xué)會理事單位,是上海市****。廣州同源SNP分型怎么解決

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