天津目標甲基化重測序

來源: 發(fā)布時間:2022-02-12

WGBS(Whole Genome Bisulfite Sequence)全基因組甲基化測序,利用重亞硫酸氫鹽使DNA中未發(fā)生甲基化的胞嘧啶(C)脫氨基轉(zhuǎn)變成尿嘧啶(U),而甲基化的胞嘧啶保持不變,然后通過PCR將U變?yōu)锳,*有甲基化的C可以成功保留,***通過測序就可判斷CpG位點是否發(fā)生甲基化。特點是精確度高、重復性好,檢測范圍廣,可以覆蓋全基因組范圍內(nèi)的每一個C堿基的甲基化狀態(tài);但需要的數(shù)據(jù)量比較大,成本較高。上海翼和生物是上海市遺傳學會理事單位,上海市高新技術(shù)企業(yè),至今已有16年的歷史。DNA甲基化測序可在全基因組水平上比較大限度的、完整的獲取甲基化狀態(tài)信息和與基因表達調(diào)控的多重關(guān)系.天津目標甲基化重測序

亞硫酸氫鈉轉(zhuǎn)化是分析胞嘧啶甲基化效果比較好的工具之一。該方法基于亞硫酸氫鈉對 DNA 的處理,確定其甲基化模式。重亞硫酸鹽測序本質(zhì)上就是重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化與二代測序(NGS)的結(jié)合。甲基化的金標準是亞硫酸氫鹽測序法:用亞硫酸氫鹽處理DNA,未發(fā)生甲基化的胞嘧啶能夠被轉(zhuǎn)化為尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶則保持不變,通過后續(xù)的測序即可檢測。利用亞硫酸氫鹽的這種原理,可以衍生出多種甲基化檢測方法,如甲基化特異性的PCR和高分辨率熔解曲線法。蘇州目標甲基化重測序技術(shù)服務亞硫酸鹽處理這種方法可靠,且精確度高,能明確目的片段中每一個CpG位點的甲基化狀態(tài)。

物種的DNA甲基化率通常與物種基因組大小成正比。從細菌的數(shù)千個基因進化到高等動物的數(shù)萬個基因,基因數(shù)增長的一個數(shù)量級。要管好這么多的基因,在漫長的一生中有規(guī)律地關(guān)閉或打開基因表達,DNA甲基化這個開關(guān)對高等動植物必不可少。轉(zhuǎn)座子是一類在基因組上可以自主復制(或剪切)和移動的**功能元件。如果它們隨意移動,對基因組的穩(wěn)定性具有破壞作用。DNA甲基化對轉(zhuǎn)座子的移動具有抑制作用。通常,物種的基因組越大,其基因組中轉(zhuǎn)座子的比例越高,那么限制轉(zhuǎn)座子移動的門神——DNA甲基化的比例就越高。

在表觀遺傳中,DNA甲基化修飾具有非常重要的地位。其中胞嘧啶雜環(huán)5號位的甲基化修飾,又稱作5-甲基胞嘧啶(5mC),是**常見的甲基化修飾方式,也是迄今為止研究**為普遍的DNA甲基化修飾方式。一般認為當DNA甲基化出現(xiàn)在基因啟動子區(qū),就會抑制基因轉(zhuǎn)錄,從而起到負調(diào)控的作用。DNA甲基化的形成機制,包括從頭合成(de novo),甲基化的維持(Maintenance)和去甲基化(Demethylation),這些過程分別由不同的基因和通路調(diào)控。這些基因和通路在動植物中即保守,又有所區(qū)別。亞硫酸氫鹽處理能夠?qū)⒒蚪M中未發(fā)生甲基化的C堿基轉(zhuǎn)換成U,進行PCR擴增后變成T。

WGBS能為基因組DNA甲基化時空特異性修飾的研究提供重要技術(shù)支持,能廣泛應用在個體發(fā)育、衰老和疾病等生命過程的機制研究中,也是各物種甲基化圖譜研究的優(yōu)先方法。常規(guī)全基因組甲基化測序技術(shù)通過T4-DNA連接酶,在超聲波打斷基因組DNA段的兩端連接接頭序列,連接產(chǎn)物通過重亞硫酸鹽處理將未甲基化修飾的胞嘧啶C轉(zhuǎn)變?yōu)槟蜞奏,進而通過接頭序列介導的 PCR 技術(shù)將尿嘧啶U轉(zhuǎn)變?yōu)樾叵汆奏。上海翼和是上海市遺傳學會理事單位,上海市高新技術(shù)企業(yè),至今已有十六年的歷史。Hi-MethylSeq在研究DNA甲基化時,每一個read都相當于克隆測序時的一個單克隆。杭州全基因組甲基化重測序哪個公司做

上海翼和生物通過亞硫酸氫鹽(bisulfite)處理,用多重PCR擴增目的片段,添加barcode和測序通用接頭。天津目標甲基化重測序

DNA甲基化是表觀遺傳學修飾的主要形式,甲基化模式的異常促進細胞惡性轉(zhuǎn)化,參與tumour演進。許多基因具有tumour特異性的甲基化表型,一方面基因組普遍的低甲基化引起原cancer基因活化,基因組不穩(wěn)定性增加;另一方面啟動子區(qū)的高甲基化,引起抑cancer基因及錯配修復基因表達沉默,導致tumour的發(fā)生。研究表明,基因組的低甲基化隨著細胞惡性度的增加而愈加明顯,是病情診斷的重要指標;此外,CpG島局部的高甲基化發(fā)生于細胞惡變之前,能在早期預測tumour的發(fā)生,其也能有效地預測tumour的復發(fā)和轉(zhuǎn)移,在tumour的鑒別診斷中亦發(fā)揮重要作用。因此,檢測tumour發(fā)生中相關(guān)基因的甲基化模式具有重要意義,現(xiàn)就近年來中外文獻報道的甲基化檢測方法進行簡要的分析總結(jié)。天津目標甲基化重測序

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