代謝組學(xué)適用范圍：1、體液：血清、血漿、尿液、唾液、膝蓋滑液、腦脊液、卵泡液、牛奶、痰液、舌苔液、膽汁等。2、組織：各種動(dòng)物組織和植物組織。3、細(xì)胞：細(xì)胞及細(xì)胞培養(yǎng)液等。3、微生物：大腸桿菌、鏈球菌等。4、其他：糞便、食糜、腸道內(nèi)容物等。應(yīng)用領(lǐng)域：1、非靶向代謝物組學(xué)結(jié)果的驗(yàn)證。2、代謝相關(guān)生理、病理研究。3、發(fā)酵工藝研究。4、食品科學(xué)與營(yíng)養(yǎng)學(xué)研究。非靶向代謝組學(xué)分析內(nèi)容：非靶向代謝組學(xué)分析內(nèi)容大致包括數(shù)據(jù)的預(yù)處理（包括質(zhì)譜峰提取和質(zhì)譜峰校正）-數(shù)據(jù)質(zhì)控（包括t-檢驗(yàn)、主成分分析等）--差異代謝物分析（包括聚類(lèi)分析、通路注釋分析、多組學(xué)關(guān)聯(lián)分析等）。代謝組學(xué)是要涉及研究每一個(gè)代謝組分的共性、特性和規(guī)律。LC-MS／MS非靶向代謝組學(xué)定量分析
代謝組學(xué)樣本收集植物組織：果實(shí)、種子：1）對(duì)于含水量高、體積較大的果實(shí)（番茄、西瓜、蘋(píng)果等）需要先將樣品分成“均勻”的小塊(≈ 200 mg/樣本)分裝至2 mL離心管中，標(biāo)號(hào)后迅速放入液氮中冷凍處理至少15 min。2）對(duì)于細(xì)小的顆粒種子(擬南芥種子、谷物種子等)，可以先將同一組的植株種子混勻后再分裝(≈ 200 mg/樣本)至離心管中，標(biāo)號(hào)后迅速放入液氮中冷凍處理至少15 min。3）對(duì)于要求對(duì)整個(gè)果實(shí)進(jìn)行提取的（整粒葡萄等），需要把果實(shí)裝在50 mL離心管/自封袋中，標(biāo)號(hào)后迅速放入液氮中冷凍處理至少15min，-80 ℃凍存，干冰寄送。LC-MS／MS非靶向代謝組學(xué)定量分析代謝組學(xué)的概念來(lái)源于代謝組，代謝組是指某一生物或細(xì)胞在一特定生理時(shí)期內(nèi)所有的低分子量代謝產(chǎn)物。
代謝組學(xué)研究方法： 對(duì)于代謝產(chǎn)物來(lái)說(shuō)，不只只有質(zhì)譜峰這個(gè)特征。更進(jìn)一步說(shuō)，質(zhì)譜（MS）并不能檢測(cè)出所有的代謝產(chǎn)物，并不是因?yàn)橘|(zhì)譜的靈敏度不夠，而是由于質(zhì)譜只能檢測(cè)離子化的物質(zhì)，但有些代謝產(chǎn)物在質(zhì)譜儀中不能被離子化。采用核磁共振（NMR）的方法，可以彌補(bǔ)色譜的不足。過(guò)去，只有毒理學(xué)方面的研究使用核磁共振，而質(zhì)譜只在植物代謝研究中采用。如今，這兩種方法在代謝組學(xué)研究中已經(jīng)普遍使用。為在不同樣品間進(jìn)行有意義的比較，研究人員必須結(jié)合使用這兩種方法獲得的大量數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。此外，還需要結(jié)合基因組學(xué)研究獲得的數(shù)據(jù)。
代謝組學(xué)尿液樣本收集：1）取空腹晨尿、中段尿（臨床）或晨間1 h尿（動(dòng)物）于50 mL離心管中；2）4 ℃ 下10000 rpm離心10 min取上清，用1.5 mL離心管分裝，保存于-80 ℃。3）動(dòng)物1 h尿量不夠的情況下，可分多次收集尿液；如需收取24 h尿液，需要使用帶低溫裝置的代謝籠收集，并且及時(shí)凍存樣本。4）收集完尿液樣本后，建議使用液氮淬滅15 min后，再分裝多管后于-80 ℃凍存。組織樣本收集：動(dòng)物組織（包括腦、心、肝、脾、肺、腎、肌肉和皮膚等；軟體動(dòng)物如血吸蟲(chóng)）：1）取適量組織，用預(yù)冷的PBS緩沖液或生理鹽水清洗干凈；2）迅速剝?nèi)シ潜匦璧闹竞徒Y(jié)締組織，再用PBS緩沖液或生理鹽水沖洗干凈；3）用干凈的無(wú)塵吸水紙吸干水分，將組織分成50-100 mg / 管分裝待用；4）管子上做好標(biāo)記后迅速放入液氮中冷凍處理至少15 min，-80 ℃凍存；干冰運(yùn)輸。代謝組學(xué)是一個(gè)相當(dāng)有效率的研究工具。
代謝組學(xué)可以檢測(cè)的樣品種類(lèi)有哪些？代謝組學(xué)主要研究的是作為各種代謝路徑的底物和產(chǎn)物的小分子代謝物（分子量<1000）。其樣品主要是血漿或血清，尿液，唾液，以及細(xì)胞和組織的提取液。我們也和一些公司或單位（如茶葉公司、制酒公司、酸奶公司、醫(yī)院等）合作，做過(guò)植物，微生物提取物，腦脊液，昆蟲(chóng)血淋巴，羊水，卵泡液，膝蓋滑液，眼淚，胎盤(pán)，糞便及腸道內(nèi)容物提取液等。一般代謝組學(xué)能檢測(cè)出多少物質(zhì)？不同的質(zhì)譜平臺(tái)靈敏度及偏向性都不一樣，而且不同平臺(tái)之間具有互補(bǔ)性。一般來(lái)說(shuō)GC/MS檢測(cè)血清樣品能準(zhǔn)確定性的物質(zhì)約200個(gè)左右，檢測(cè)尿液樣品定性的物質(zhì)約200個(gè)左右，其他樣品（如肝臟，糞便，腸道內(nèi)容物）也在幾百這個(gè)數(shù)量級(jí)。代謝組學(xué)可以檢測(cè)的樣品種類(lèi)有哪些？LC-MS／MS非靶向代謝組學(xué)定量分析
代謝組學(xué)效仿了基因組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)的研究思想。LC-MS／MS非靶向代謝組學(xué)定量分析
代謝組學(xué)的研究分為靶向和非靶向。通俗說(shuō)就是你有沒(méi)有目標(biāo)分子。傳統(tǒng)代謝組學(xué)研究利用的是GC-MS，因?yàn)榇x物大多數(shù)都不是高沸點(diǎn)的，而且GC-MS有龐大的數(shù)據(jù)庫(kù)檢索。然后發(fā)展的LC-MS差不多，就是克服了一些高沸點(diǎn)物質(zhì)難以檢測(cè)的弊端。NMR用于代謝組學(xué)不是很多，一方面是NMR這個(gè)東西入行起點(diǎn)有點(diǎn)高，另一方面是樣品太復(fù)雜而且靈敏度不高。但是NMR樣品處理簡(jiǎn)單，無(wú)損。不需要各種衍生化。而且NMR對(duì)于物質(zhì)結(jié)構(gòu)的指認(rèn)要比MS更精確（比如異構(gòu)體）因此對(duì)定性非常有用，成為非靶向代謝組學(xué)的重要方法。LC-MS／MS非靶向代謝組學(xué)定量分析