什么叫轉錄組學?廣義轉錄組是指生命單元(通常是一種細胞)中所有按基因信息單元轉錄和加工的RNA分子(包括編碼和非編碼RNA功能單元),或者是一個特定細胞所有轉錄本的總和.它的研究對象就是這些RNA與蛋白質分子和它們所組成的基因功能網絡以及它們與細胞功能的關系.而狹義轉錄組是指可直接參與翻譯蛋白質的mRNA總和。轉錄組是干什么用的,和表達譜有什么區(qū)別?轉錄組,指細胞某一時期所有基因的轉錄水平。轉錄組學,是一門在整體水平上研究細胞中基因轉錄的情況及轉錄調控規(guī)律的學科。簡而言之,轉錄組學是從RNA水平研究基因表達的情況。宏轉錄組學能有效的擴展微生物資源的利用空間。貴州外泌體microRNA轉錄組學技術
全轉錄組測序為什么需要構建兩個文庫?全轉錄組測序需要構建2個測序文庫,一個小RNA文庫和一個去除核糖體RNA的鏈特異性文庫,然后分別上機測序。小RNA長度較短,一般小于50nt,采用測序策略為50SE。其他三類RNA序列一般大于200,通常在1000以上,可達幾萬,通過片段化構建150PE測序文庫。然后小RNA文庫可以獲得miRNA序列信息,去核糖體的鏈特異性文庫可以獲得mRNA、lncRNA和circRNA的序列信息。轉錄組學即特定細胞在某一功能狀態(tài)下轉錄出來的所有RNA的總和,包括mRNA和非編碼RNA。貴州外泌體microRNA轉錄組學技術相對于傳統(tǒng)的芯片雜交平臺,轉錄學組測序無需預先針對已知序列設計探針。
宏轉錄組學適用范圍包括人體微生態(tài)、環(huán)境、工業(yè)、農業(yè)等領域。宏轉錄組學以生態(tài)環(huán)境中的全部RNA為研究對象,避開了微生物分離培養(yǎng)困難的問題,能有效的擴展微生物資源的利用空間。應用領域:包括腸道微生物、口腔微生物、糞便微生物、人體組織微生物。宏轉錄學組的概念:宏轉錄組是特定時期、環(huán)境樣本、組織樣本中所有的微生物的RNA(轉錄本)的匯合。通過對這些轉錄本進行大規(guī)模高通量測序,可以直接獲得環(huán)境中可培養(yǎng)和不可培養(yǎng)的微生物轉錄組信息。
RNA-Seq轉錄組學技術優(yōu)勢:相比基因芯片和標記的堿基序列的測序方法,RNA-seq具有一定的優(yōu)越性。與基因芯片相比,RNA-Seq不只可以在更高的分辨率下用來測量基因的表達水平情況,還可以揭示未知的轉錄組和拼接亞型,并為選擇性拼接亞型提供定量分析。相對于傳統(tǒng)的芯片雜交平臺,轉錄組測序無需預先針對已知序列設計探針,即可對任意物種的整體轉錄活動進行檢測,提供更精確的數字化信號、更高的檢測通量以及更普遍的檢測范圍,是目前深入研究復雜性轉錄組的強大工具。鑒于這些優(yōu)勢,RNA-Seq很快就被應用到關于瘤病相關研究的多個方面。宏轉錄組是特定時期、環(huán)境樣本、組織樣本中所有的微生物的RNA(轉錄本)的匯合。
RNA-Seq轉錄組學技術優(yōu)勢:RNA-seq技術可以檢測到低水平表達、未識別的轉錄子和新拼接亞型基因。另一方面,與基因芯片相比,RNA-Seq有一個更廣的檢測動態(tài)范圍,可以研究編碼和非編碼RNA,更易于基因網絡的構建、發(fā)現(xiàn)選擇性剪切轉錄物,檢測到等位基因的具體表達方式,也可以用來提取基因型信息。在RNA-Seq單細胞研究中,一個主要優(yōu)勢是可以分析整個轉錄序列,而不是有限制數量的基因,并且,研究DNA和RNA的方法并不是相互排斥的,他們可以相互結合使用,產生更多的生物學上重要的信息。RNA-Seq轉錄組學即對轉錄組進行測序和分析。貴州外泌體microRNA轉錄組學技術
轉錄組學是研究細胞表型和功能的一個重要手段。貴州外泌體microRNA轉錄組學技術
全長轉錄組學測序:由于在轉錄組研究中通常所使用的第二代測序技術具有測序讀長的限制,因此在進行測序之前,需要先將樣本的mRNA打碎為小片段,之后再通過與參考基因組比對或拼接的方式識別轉錄本,這就會造成一定的錯誤比例,同時在也很難區(qū)分單堿基水平的差異。全長轉錄組測序的優(yōu)勢:1、全方面鑒定可變剪切;2、發(fā)現(xiàn)更多新基因;3、有效改善基因組注釋;4、鑒定更多的LncRNA;5、準確定位融合基因。研究思路:由于全長轉錄組測序是基于第三代測序技術,因而其成本依然較高,如果全部研究項目均基于全長轉錄組,通常來說很難承擔,因此,全長轉錄組測序一般與普通轉錄組測序相結合。貴州外泌體microRNA轉錄組學技術