蛋白質(zhì)組學(xué)與基因組學(xué)的差異:蛋白質(zhì)組和基因組(genome)在概念上有相關(guān)性,某一個蛋白質(zhì)組的蛋白質(zhì)是由其基因組所編碼的,然而蛋白質(zhì)組學(xué)和基因組學(xué)在研究對象和研究方法上有很大的區(qū)別?;蚪M在所有的細胞中幾乎都是完整的,與之不同,蛋白質(zhì)組具有很高的細胞和組織特異性,不同的細胞組織表達不同的蛋白質(zhì)組。蛋白質(zhì)組的復(fù)雜性也遠遠高于基因組,這是因為一個基因≠一個轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物≠一個蛋白質(zhì)。比如據(jù)估計人的基因組由30000個基因組成,經(jīng)mRNA剪切和蛋白質(zhì)翻譯后修飾將產(chǎn)生20萬~200萬個蛋白質(zhì)。由于不同的轉(zhuǎn)錄起始和mRNA剪切使同一基因產(chǎn)生了不同的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物。同樣由于不同的翻譯起始,一個mRNA可以翻譯成不同的蛋白質(zhì)。蛋白質(zhì)組結(jié)果一般需要做哪些方面的生物信息學(xué)分析?深圳修飾蛋白組學(xué)費用
常用的定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)方法有以下幾類:非標記(labelfree)的定量蛋白組學(xué)技術(shù):Label free定量蛋白組學(xué)技術(shù)是通過液質(zhì)聯(lián)用技術(shù)對蛋白質(zhì)酶解肽段進行質(zhì)譜分析,無需使用昂貴的穩(wěn)定同位素標簽做內(nèi)部標準,只需分析大規(guī)模鑒定蛋白質(zhì)時所產(chǎn)生的質(zhì)譜數(shù)據(jù),比較不同樣品中相應(yīng)肽段的信號強度,從而對肽段對應(yīng)的蛋白質(zhì)進行相對定量。TMT定量蛋白組學(xué)技術(shù):這種技術(shù)采用多個(2-10)穩(wěn)定同位素標簽,特異性標記多肽的氨基基團進行串聯(lián)質(zhì)譜分析,能夠同時比較多達10種不同樣本中蛋白質(zhì)的相對含量,可用于研究不同病理條件下或者不同發(fā)育階段的組織樣品中蛋白質(zhì)表達水平的差異。深圳修飾蛋白組學(xué)費用蛋白質(zhì)組學(xué)與其它學(xué)科的交叉也將日益明顯和重要。
Label Free 非標記定量蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)優(yōu)點:無需標記,比較大程度的保留樣本的真實性;可以區(qū)分“有”、“無”蛋白;不受標簽數(shù)量的限制,多個樣本可以同時進行蛋白定量分析;不同物種和不同的樣本類型可以同時開展蛋白定量分析;處理步驟簡單,成本低。 DIA 定量蛋白質(zhì)組學(xué):數(shù)據(jù)非依賴性采集(DIA)是一種明顯提升蛋白質(zhì)組學(xué)研究通量和可重復(fù)性的技術(shù)。經(jīng)典的 DIA 流程通常依賴于 DDA 譜圖庫的構(gòu)建,需要消耗大量的樣品,且周期長,成本高。越來越多的不依賴于 DDA 建庫的分析方法相繼誕生。
蛋白組學(xué)技術(shù):蛋白質(zhì)組學(xué)研究的首要任務(wù)是建立獲取和分析蛋白質(zhì)的常規(guī)、可靠、有效的技術(shù)。為達到這一要求,就需要樣品準備、數(shù)據(jù)獲取標準化及自動化,也就是要有可重復(fù)的高通量的技術(shù)。蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)手段在不斷完善,其工作流程,包括蛋白質(zhì)樣本的制備、分離、定量及鑒定。由雙向凝膠電泳、質(zhì)譜技術(shù)、酵母雙雜交系統(tǒng)、蛋白質(zhì)微陣列技術(shù)、能進行大規(guī)模數(shù)據(jù)處理的計算機系統(tǒng)和軟件、軟電離技術(shù)及生物信息學(xué)技術(shù)構(gòu)成了蛋白質(zhì)組學(xué)研究的主要技術(shù)體系。其中蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)中的質(zhì)譜技術(shù)是現(xiàn)在比較常用的一種蛋白質(zhì)鑒定技術(shù)。Label-free非標記的定量蛋白質(zhì)組學(xué)定量不需要標記處理,操作簡單。
蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù):電噴霧質(zhì)譜:ESI-MS是利用高電場使質(zhì)譜進樣端的毛細管柱流出的液滴帶電,在N2氣流的作用下,液滴溶劑蒸發(fā),表面積縮小,表面電荷密度不斷增加,直至產(chǎn)生的庫侖力與液滴表面張力達到雷利極限,液滴爆裂為帶電的子液滴,這一過程不斷重復(fù)使液滴非常細小呈噴霧狀,這時液滴表面的電場非常強大,使分析物離子化并以帶單電荷或多電荷的離子形式進入質(zhì)量分析器。ESI-MS從液相中產(chǎn)生離子,一般說來,肽段的混合物經(jīng)過液相色譜分離后,經(jīng)過偶聯(lián)的與在線連接的離子阱質(zhì)譜分析,給出肽片段的精確的氨基酸序列,但是分析時間一般較長。目前,許多實驗室兩種質(zhì)譜方法連用,獲得有意義的蛋白質(zhì)的肽段序列,設(shè)計探針或引物來獲得有意義的基因。隨著蛋白質(zhì)組研究的深入,又有多種新型質(zhì)譜儀出現(xiàn),主要是在上述質(zhì)譜儀的基礎(chǔ)上進行改進與重新組合。在對早老性癡呆等人類重大疾病的臨床診斷和治理方面蛋白質(zhì)組技術(shù)也有十分誘人的前景。濟南定量乙?;鞍踪|(zhì)組學(xué)鑒定
蛋白質(zhì)組和基因組在概念上有相關(guān)性。深圳修飾蛋白組學(xué)費用
蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)方法介紹:蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)方法:生物質(zhì)譜:生物質(zhì)譜技術(shù)是蛋白質(zhì)組學(xué)研究中比較重要的鑒定技術(shù),其基本原理是樣品分子離子化后,根據(jù)不同離子之間的荷質(zhì)比(M/E)的差異來分離并確定分子量。對于經(jīng)過雙向電泳分離的目標蛋白質(zhì)用胰蛋白酶酶解(水解Lys或Arg的-C端形成的肽鍵)成肽段,對這些肽段用質(zhì)譜進行鑒定與分析。目前常用的質(zhì)譜包括兩種:基質(zhì)輔助激光解吸電離-飛行時間質(zhì)譜(MALDI-TOF-MS)和電噴霧質(zhì)譜(ESI- MS)。深圳修飾蛋白組學(xué)費用