轉錄組學為什么原核物種只能做有參轉錄組分析？由于原核生物的基因組中存在大量基因重疊區(qū)域、操縱子及多順反子，如果按照無參轉錄組分析策略進行組裝的話，難度較大，組裝結果存在較大風險。轉錄組學差異基因數(shù)目多少比較合理？不同的處理，不同的研究目標，差異基因的數(shù)目是不同的，從幾十個到幾千個都有可能。但是如果差異基因數(shù)目是個位數(shù)或者上萬，那么就需要和分析人員溝通一下，查一查是否有問題。轉錄組學差異基因太多，注釋信息太雜亂，怎么挑選目標基因？對不同的差異組合進行維恩圖分析，挑選共有或者特有的差異基因作為后續(xù)的研究對象；根據(jù)前人的文獻報道，挑選相關差異基因，不要局限在自己研究的物種上。轉錄學組測序可對任意物種的整體轉錄活動進行檢測。上海全長轉錄學組分析研究
轉錄組分析是目前應用比較廣的高通量測序分析技術之一。常見設計是不同樣品之間比較，尋找差異基因、標志基因、協(xié)同變化基因、差異剪接和新轉錄本，并進行結果可視化、功能注釋和網(wǎng)絡分析等。轉錄組的測序分析也相對成熟，從RNA提取、構建文庫、上機測序再到結果解析既可以自己完成，又可以在專業(yè)公司進行。概括來看轉錄組的分析流程比較簡單，序列比對-轉錄本拼接(可選)-表達定量-差異基因-功能富集-定制分析。整個環(huán)節(jié)清晰流暢，可以作為剛開始接觸高通量測序學習比較合適的技術之一。河南IncRNA轉錄組學質譜鑒定RNA-Seq轉錄組學有著巨大的應用前景。
circRNA轉錄組學成環(huán)機制：circRNA環(huán)化方式分為內含子環(huán)化和外顯子環(huán)化。目前主流的成環(huán)機制可歸類為：依賴于剪切體的索尾插接環(huán)化。在mRNA前體上，通過連續(xù)的組裝小核核糖體蛋白從而催化外顯子下游的5′供體的位點連接到上游的3′受體的位點，索尾插接形成環(huán)化，然后通過剪切形成circRNA。順式作用元件促進circRNA形成。部分circRNA外顯子兩側的內含子中含有反向互補序列，首先在剪切位點上并排形成RNA雙鏈體，再通過可變剪切形成帶內含子和不帶內含子兩種不同的circRNA?；蛘咄怙@子內部以及兩側的內含子可以競爭進行RNA配對，然后通過可變剪切形成不同類型的circRNA。
RNA-Seq轉錄組學的應用：RNA-Seq即對轉錄組進行測序和分析。一般來說在研究所會委托公司測序得到數(shù)據(jù)自己進行后續(xù)的生信分析（質控，mapping，差異基因表達分析，SNV分析等）。RNA-Seq有著巨大的應用前景。在不同背景下比較mRNA水平同一物種，不同組織：研究基因在不同部分的表達情況。同一物種，同一組織：研究基因在不同處理下，不同條件下的表達變化。同一組織，不同物種：研究基因的進化關系。時間序列實驗：基因在不同時期的表達情況與發(fā)育的關系?；蚍诸悾赫业郊毎禺?，疾病相關，處理相關的基因表達模式，用于診斷疾病和預測等。基因網(wǎng)絡和通路：基因在細胞活動中的功能，基因間的相互作用。轉錄組學可應用于炎癥發(fā)生機制的發(fā)現(xiàn)及干預。
RNA-Seq，是基于新一代測序技術的轉錄組學研究方法：首先提取生物樣品的全部轉錄的RNA并進行mRNA富集，然后反轉錄為cDNA后進行的新一代高通量測序，在此基礎上進行片段的拼接組裝，從而可得到一個個的轉錄本，進而可以形成對該生物樣品當前發(fā)育狀態(tài)的基因表達狀況的全局了解。不同階段或部位的生物樣品的RNA-Seq轉錄組進行比較分析，則可以在轉錄層面得到基因表達水平的變化，針對關鍵基因則可以進行代謝通路（Pathway）的構建。轉錄組學即特定細胞在某一功能狀態(tài)下轉錄出來的所有RNA的總和，包括mRNA和非編碼RNA。轉錄組學能夠檢測未知基因，發(fā)現(xiàn)新的轉錄本。河南IncRNA轉錄組學質譜鑒定
普通轉錄組測序主要適用于不同的生長階段或者發(fā)育過程。上海全長轉錄學組分析研究
轉錄組學應用領域：農林領域：生長發(fā)育機制，抗逆脅迫機制，育種，物種保護研究等；畜牧業(yè)：生長發(fā)育機制，致病機理研究，肉類及乳制品品質研究等；海洋水產(chǎn)：生長發(fā)育機制，漁業(yè)資源，漁業(yè)環(huán)境與水產(chǎn)品安全等；微生物：致病機理，耐藥機制，病原體-宿主相互作用研究等；生物醫(yī)藥：生物標志物，疾病機理機制，疾病分型，藥物開發(fā)，個性化醫(yī)治等；環(huán)境科學：發(fā)酵過程優(yōu)化，生物燃料生產(chǎn)，環(huán)境危害風險評估研究等；食品科學：食品儲藏及加工條件優(yōu)化，食品組分及品質鑒定，功能性食品開發(fā)，食品安全監(jiān)檢測等。上海全長轉錄學組分析研究